<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=gb2312">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<span style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:rgb(255, 255, 255)">Dear Pan,</span>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:rgb(255, 255, 255)">
<br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:rgb(255, 255, 255)">
I apologise if the following comes across as overly harsh, but this is something that needs to be said (to many in structural biology, not just you):</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:rgb(255, 255, 255)">
<br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:rgb(255, 255, 255)">
If you skip the manual component of model building and rely on automated building/refinement tools combined with summary validation statistics to do the job for you, it's a near certainty that the model you deposit<span>&nbsp;</span><i>will</i>&nbsp;end up with preventable
 errors. The only real questions are: (a) how many, and (b) how serious. While hopefully we will eventually get to the point where automated building and refinement find the right answer almost all the time, and validation near-infallibly tells us which places
 are correct and don't need to be manually checked... we're not there yet. Right now, automated rebuilding tends to be too &quot;good&quot; at finding conformations that aren't Ramachandran and rotamer outliers and don't clash (much), but are still wrong. The wwPDB is
 full of such depositions... here's an example from literally the first (very recent) structure I looked at today. I won't name it (that's not my point), but it's a 3.4 angstrom cryo-EM map with zero Ramachandran and rotamer outliers, and a clashscore of 6.
 While overall it seems quite good, the pictured site is modelled as in bad_trans_pro.jpg - while there are no Rama/rota outliers, that's only because the geometry's been force-fit into a chemically-infeasible conformation with two amides pointing at each other
 (which would undoubtedly be flagged as a major clash in MolProbity). Remodelling to a<span>&nbsp;</span><i>cis</i>&nbsp;proline gives a much more sensible solution, and as a bonus fits the density rather better (both in the backbone and the sidechain of the preceding
 Phe).</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:rgb(255, 255, 255)">
<br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:rgb(255, 255, 255)">
The point of my mini-rant: your role in the process shouldn't be to simply press buttons to start each successive automated task. If you want a good model, you need to get in there and diagnose, on a local level,<span>&nbsp;</span><i>why</i>&nbsp;these outliers and clashes
 are appearing. It's quite likely that most of them will be fairly&nbsp; innocuous and easy to address, but unless you check for yourself you can't rule out the potential for more serious problems.</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:rgb(255, 255, 255)">
<br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:rgb(255, 255, 255)">
In terms of tools for this sort of interactive inspection and rebuilding, have you tried ISOLDE (https://isolde.cimr.cam.ac.uk)? This sort of moderate-to-low resolution regime is exactly what I designed it to handle.</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:rgb(255, 255, 255)">
<br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:rgb(255, 255, 255)">
Best regards,</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:rgb(255, 255, 255)">
<br>
</div>
<span style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:rgb(255, 255, 255)">Tristan</span><br>
</div>
<div id="appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org &lt;phenixbb-bounces@phenix-online.org&gt; on behalf of xiaowp82@hotmail.com &lt;xiaowp82@hotmail.com&gt;<br>
<b>Sent:</b> 14 February 2021 06:23<br>
<b>To:</b> phenixbb &lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;<br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] rotamer outlier and clash socre</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<style>
<!--
div
        {line-height:1.5}
div
        {font-size:10.5pt;
        font-family:΢���ź�;
        color:rgb(0,0,0);
        line-height:1.5}
-->
</style>
<div>
<div><span></span>
<div style="font-family:΢���ź�,Tahoma">Hello everyone</div>
<div style="font-family:΢���ź�,Tahoma"><br>
</div>
<div style="font-family:΢���ź�,Tahoma">I refined a cryo-EM data with 3.2 angstrom, the model fit well with the map, but the rotamer outlier is too high, about 8%. &nbsp;How can I decrease the value of rotamer outlier by realspace.refinement in Phenix GUI, and no need
 to adjust the residues one by one in Coot?&nbsp;</div>
<div style="font-family:΢���ź�,Tahoma"><span style="font-size:10.5pt; line-height:1.5; background-color:window"><br>
</span></div>
<div style="font-family:΢���ź�,Tahoma"><span style="font-size:10.5pt; line-height:1.5; background-color:window">Another question is the value of clash score are also too high. When I set the&nbsp;</span><span style="font-size:10.5pt; line-height:1.5; background-color:window">nonbonded_weight
 to 10000, the clash score get better, but the value of rotamer outlier get worse. The high clash score maybe due to in</span><span style="background-color:window; font-size:10.5pt; line-height:1.5">cluding hydrogens for refinement? Can I exclude hydrogen for
 refinement and how to do?</span></div>
<div style="font-family:΢���ź�,Tahoma"><span style="background-color:window; font-size:10.5pt; line-height:1.5"><br>
</span></div>
<div style="font-family:΢���ź�,Tahoma"><span style="background-color:window; font-size:10.5pt; line-height:1.5">Thanks !</span></div>
<div style="font-family:΢���ź�,Tahoma"><span style="background-color:window; font-size:10.5pt; line-height:1.5"><br>
</span></div>
<div style="font-family:΢���ź�,Tahoma"><span style="background-color:window; font-size:10.5pt; line-height:1.5">Pan&nbsp;</span></div>
</div>
<div><br>
</div>
<hr color="#b5c4df" size="1" align="left" style="width:210px; height:1px">
<div><span>
<div style="margin:10px; font-family:verdana; font-size:10pt">
<div>xiaowp82@hotmail.com</div>
</div>
</span></div>
</div>
</body>
</html>