<html><head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=gb2312"><style>body { line-height: 1.5; }body { font-size: 10.5pt; font-family: ΢ź; color: rgb(0, 0, 0); line-height: 1.5; }</style></head><body>
<div><span></span><div style="font-family: ΢ź, Tahoma;">Hello everyone</div><div style="font-family: ΢ź, Tahoma;"><br></div><div style="font-family: ΢ź, Tahoma;">I refined a cryo-EM data with 3.2 angstrom, the model fit well with the map, but the rotamer outlier is too high, about 8%. &nbsp;How can I decrease the value of rotamer outlier by realspace.refinement in Phenix GUI, and no need to adjust the residues one by one in Coot?&nbsp;</div><div style="font-family: ΢ź, Tahoma;"><span style="font-size: 10.5pt; line-height: 1.5; background-color: window;"><br></span></div><div style="font-family: ΢ź, Tahoma;"><span style="font-size: 10.5pt; line-height: 1.5; background-color: window;">Another question is the value of clash score are also too high. When I set the&nbsp;</span><span style="font-size: 10.5pt; line-height: 1.5; background-color: window;">nonbonded_weight to 10000, the clash score get better, but the value of rotamer outlier get worse. The high clash score maybe due to in</span><span style="background-color: window; font-size: 10.5pt; line-height: 1.5;">cluding hydrogens for refinement? Can I exclude hydrogen for refinement and how to do?</span></div><div style="font-family: ΢ź, Tahoma;"><span style="background-color: window; font-size: 10.5pt; line-height: 1.5;"><br></span></div><div style="font-family: ΢ź, Tahoma;"><span style="background-color: window; font-size: 10.5pt; line-height: 1.5;">Thanks !</span></div><div style="font-family: ΢ź, Tahoma;"><span style="background-color: window; font-size: 10.5pt; line-height: 1.5;"><br></span></div><div style="font-family: ΢ź, Tahoma;"><span style="background-color: window; font-size: 10.5pt; line-height: 1.5;">Pan&nbsp;</span></div></div>
<div><br></div><hr style="width: 210px; height: 1px;" color="#b5c4df" size="1" align="left">
<div><span><div style="MARGIN: 10px; FONT-FAMILY: verdana; FONT-SIZE: 10pt"><div>xiaowp82@hotmail.com</div></div></span></div>
</body></html>