<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=windows-1257">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]--><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"Gill Sans MT";
        panose-1:2 11 5 2 2 1 4 2 2 3;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        mso-fareast-language:EN-US;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        mso-fareast-language:EN-US;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-NZ" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="word-wrap:break-word">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi all,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">We have been finalising a structure with a ligand complexed to heme. I have been checking the close to final structure and I noticed that the ligand looks distorted away from what one would expect. &nbsp;We use Phenix.refine<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">We initially used the grade server for our restraints files. I also just used elbow to generate a new one. Looking at both, the restraints look reasonable (similar in both) however the initial output pdb from elbow is distorted further.
 The angles /lengths looked reasonable and are similar to small molecule structures (CCDC).<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">The planarity of a bi-phenyl moiety is very distorted.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><img width="573" height="326" style="width:5.9687in;height:3.3958in" id="Picture_x0020_1" src="cid:image001.png@01D72248.0AB91390"><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Are we missing something?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Do we need to tell phenix.refine to not over refine the model?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Should elbow give a distorted model?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Apologies if this is all online but my uni cant seem to access phenix.org!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thanks in advance<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Joel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365F91;mso-fareast-language:EN-NZ">Joel Tyndall |</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070C0;mso-fareast-language:EN-NZ">
</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555;mso-fareast-language:EN-NZ">BSc(Hons) PhD</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;mso-fareast-language:EN-NZ"><br>
<span style="color:#0070C0"><br>
</span><span style="color:#365F91">Associate Professor in Medicinal Chemistry<br>
School of Pharmacy |</span><span style="color:#0070C0"> </span><span style="color:#595959">He Rau Kawakawa</span><span style="color:#0070C0"><br>
</span><span style="color:#365F91">University of Otago |</span><span style="color:#0070C0">
</span></span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555;mso-fareast-language:EN-NZ">Te Whare W</span><span style="font-size:9.0pt;color:#555555;mso-fareast-language:EN-NZ"></span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555;mso-fareast-language:EN-NZ">nanga
 o Ot</span><span style="font-size:9.0pt;color:#555555;mso-fareast-language:EN-NZ"></span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555;mso-fareast-language:EN-NZ">go<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365F91;mso-fareast-language:EN-NZ">PO Box&nbsp;56 9054<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365F91;mso-fareast-language:EN-NZ">Dunedin |</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070C0;mso-fareast-language:EN-NZ">
</span><span style="font-size:9.0pt;color:#555555;mso-fareast-language:EN-NZ"></span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555;mso-fareast-language:EN-NZ">tepoti</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070C0;mso-fareast-language:EN-NZ"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365F91;mso-fareast-language:EN-NZ">New Zealand&nbsp;</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365F91;mso-fareast-language:EN-NZ">|</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555;mso-fareast-language:EN-NZ">
 Aotearoa</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070C0;mso-fareast-language:EN-NZ">&nbsp;
</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070C0;mso-fareast-language:EN-NZ"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365F91;mso-fareast-language:EN-NZ">Ph: 64 3 479 7293<br>
Skype: jtyndall<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365F91;mso-fareast-language:EN-NZ">Website
</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365F91;mso-fareast-language:EN-NZ">|</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555;mso-fareast-language:EN-NZ">
<a href="pharmacy.otago.ac.nz"><span style="color:#0563C1">pharmacy.otago.ac.nz</span></a></span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070C0;mso-fareast-language:EN-NZ">&nbsp;</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365F91;mso-fareast-language:EN-NZ"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070C0;mso-fareast-language:EN-NZ"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</body>
</html>