<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><br class=""><div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 22 May 2021, at 00:28, Pavel Afonine &lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" class="">pafonine@lbl.gov</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><p style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">Hi Florian,</p><p style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">you can't exclude selected atoms from refinement in phenix.real_space_refine. I might be able to suggest a workaround if you explain why you want to not refined particular atoms.</p></div></blockquote>Hi Pavel,</div><div><br class=""></div><div>The residue is on a symmetry axis and moves into the density of a residue from a symmetry mate during real space refinement.</div><div>But that’s all right, at the last step of my refinement strategy, I switch off real space refinement and keep reciprocal space refinement and it works just fine.</div><div><br class=""></div><div>Florian</div><div><br class=""></div><div><br class=""></div><div><br class=""></div><div><br class=""></div><br class=""></body></html>