<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body>
Dear Blaine and Dorothee,<br>
<br>
thank you very much for your thorough responses! It was exactly what I looked for.<br>
<br>
Best regards,<br>
Martin<br>
<br>
<br>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">On 6/1/21 8:11 PM, Dorothee Liebschner wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite" cite="mid:CAAA+ObmXmO-swy4mPiR9Ct_wTd_mg6epD8mALhKrnXUD+CdEYA@mail.gmail.com">
<div dir="ltr">Hi Martin,
<div><br>
</div>
<div>You could run the command line tool</div>
<div>
<p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)">
<span class="gmail-s1" style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">phenix.b_factor_statistics model.pdb</span></p>
</div>
<div>to print information in standard output.</div>
<div><br>
</div>
<div>Or you can use a python script. I wrote a quick example (attached).</div>
<div>Run it like this:</div>
<div>
<p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)">
<span class="gmail-s1" style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">python run_average_b.py model.pdb</span></p>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Have a look at the cctbx documentation to see some cctbx example scripts:</div>
<div><a href="http://cci.lbl.gov/docs/cctbx/" moz-do-not-send="true">http://cci.lbl.gov/docs/cctbx/</a><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Let us know if you have other questions.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best wishes,</div>
<div><br>
</div>
<div>Dorothee</div>
<div> </div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jun 1, 2021 at 3:21 AM Martin Malý <<a href="mailto:martin.maly@ibt.cas.cz" moz-do-not-send="true">martin.maly@ibt.cas.cz</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px
0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Dear mailing list members,<br>
<br>
I would like to calculate the mean ADP of a structure model (PDB) from a<br>
Python script using tools in CCTBX/PHENIX. I tried to find out how and<br>
dig it from Python source code but I have been unsuccessful yet. Please,<br>
how to do it (in Python)? Although It is quite easy to calculate it in<br>
on my own directly from PDB for isotropic ADPs, the situation can be a<br>
bit complicated for anisotropic ADPs...<br>
<br>
Thank you. Best regards,<br>
Martin Mal<br>
-----<br>
<br>
Upozornění: Není-li v této zprávě výslovně uvedeno jinak, má tato e-mailová zpráva nebo její přílohy pouze informativní charakter. Tato zpráva ani její přílohy v žádném ohledu Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i. k ničemu nezavazují. Text této zprávy nebo
jejích příloh není návrhem na uzavření smlouvy, ani přijetím případného návrhu na uzavření smlouvy, ani jiným právním jednáním směřujícím k uzavření jakékoliv smlouvy a nezakládá předsmluvní odpovědnost Biotechnologického ústavu AV ČR, v. v. i.<br>
<br>
Disclaimer: If not expressly stated otherwise, this e-mail message (including any attached files) is intended purely for informational purposes and does not represent a binding agreement on the part of Institute of Biotechnology of the Czech Academy of Sciences.
The text of this message and its attachments cannot be considered as a proposal to conclude a contract, nor the acceptance of a proposal to conclude a contract, nor any other legal act leading to concluding any contract, nor does it create any pre-contractual
liability on the part of Institute of Biotechnology of the Czech Academy of Sciences.<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank" moz-do-not-send="true">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank" moz-do-not-send="true">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank" moz-do-not-send="true">
phenixbb-leave@phenix-online.org</a><br>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr" class="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>Research Scientist, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging<br>
</div>
<div>Lawrence Berkeley National Laboratory</div>
<div>1 Cyclotron Road, M/S 33R0345</div>
<div>Berkeley, CA 94720</div>
<div>Tel: (510) 486-5709</div>
<div>Fax: (510) 486-5909</div>
<div>Web: <a href="https://phenix-online.org/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank" moz-do-not-send="true">https://phenix-online.org</a></div>
</div>
</div>
</blockquote>
<br>
<div>----- <br>
<p><font size="1">Upozornění: Není-li v této zprávě výslovně uvedeno jinak, má tato e-mailová zpráva nebo její přílohy pouze informativní charakter. Tato zpráva ani její přílohy v žádném ohledu Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i. k ničemu nezavazují. Text
této zprávy nebo jejích příloh není návrhem na uzavření smlouvy, ani přijetím případného návrhu na uzavření smlouvy, ani jiným právním jednáním směřujícím k uzavření jakékoliv smlouvy a nezakládá předsmluvní odpovědnost Biotechnologického ústavu AV ČR, v.
v. i. <br>
</p>
<p></p>
<p><font size="1">Disclaimer: If not expressly stated otherwise, this e-mail message (including any attached files) is intended purely for informational purposes and does not represent a binding agreement on the part of Institute of Biotechnology of the Czech
Academy of Sciences. The text of this message and its attachments cannot be considered as a proposal to conclude a contract, nor the acceptance of a proposal to conclude a contract, nor any other legal act leading to concluding any contract, nor does it create
any pre-contractual liability on the part of Institute of Biotechnology of the Czech Academy of Sciences.
</p>
</div>
</font></font>
</body>
</html>