<div dir="ltr">Hi<div><br></div><div>I am trying to do real space refinement of a 40S rigid body docked model in a cryoEM map of 4.8 Angstrom resolution. The PDB contains some modified nucleic acid bases  due to which the program ends with the following error.</div><div><br></div><div>Fatal problems interpreting model file: Number of atoms with unknown nonbonded energy type symbols; 52 Please edit the model file to resolve the problems and /or supply a CIF file with matching restraint definitions, along with apply_cif_modification and apply_cif_link parameter definitions if necessary.</div><div><br></div><div>Seems its refinement library is not able to read the modified bases. Can you please advise how to fix this problem. What is the best way to update the library ? Any suggestions are highly appreciated. </div><div><br></div><div>Best</div><div><br></div><div>Firdous</div></div>