<div dir="ltr">Firdous<div><br></div><div>You need to generate restraints for the missing entities. You can use eLBOW.</div><div><br></div><div><a href="https://www.youtube.com/watch?v=8qVYTUVKlbQ">https://www.youtube.com/watch?v=8qVYTUVKlbQ</a></div><div><br></div><div>and I can help you.</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="arial, sans-serif">Cheers</font><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Nigel</font><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">---</font></div><div><font face="arial, sans-serif">Nigel W. Moriarty<br>Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</font></div><div><font face="arial, sans-serif">Lawrence Berkeley National Laboratory</font><br><font face="arial, sans-serif">Berkeley, CA 94720-8235</font><br><font face="arial, sans-serif">Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909      Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></font></div></div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="color:rgb(73,74,76)">ORCID : </span><font color="#494a4c"><a href="https://orcid.org/0000-0001-8857-9464" target="_blank">orcid.org/0000-0001-8857-9464</a></font></font><br></div></div></div></div></div></div></div><br></div><img src="https://pxl-mailtracker.com/pixel/u8kp2ZmJoPlqizTZ18O4?rid=u8kp2ZmJoPlqizTZ18O4" width="1" height="1" border="0"></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jun 15, 2021 at 11:14 AM Firdous Tarique &lt;<a href="mailto:kahkashantarique@gmail.com">kahkashantarique@gmail.com</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi<div><br></div><div>I am trying to do real space refinement of a 40S rigid body docked model in a cryoEM map of 4.8 Angstrom resolution. The PDB contains some modified nucleic acid bases  due to which the program ends with the following error.</div><div><br></div><div>Fatal problems interpreting model file: Number of atoms with unknown nonbonded energy type symbols; 52 Please edit the model file to resolve the problems and /or supply a CIF file with matching restraint definitions, along with apply_cif_modification and apply_cif_link parameter definitions if necessary.</div><div><br></div><div>Seems its refinement library is not able to read the modified bases. Can you please advise how to fix this problem. What is the best way to update the library ? Any suggestions are highly appreciated. </div><div><br></div><div>Best</div><div><br></div><div>Firdous</div></div>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></blockquote></div>