<div dir="ltr"><div>Hi</div><div><br></div><div>I am getting the following error during real space refinement of the model and map. Can anybody suggest what it is actually about. It is something about geometry_restraints but I am not able to figure it out<br></div><div>where.</div><div><br></div><div>Can we do something in refinement settings Or change any threshold value to avoid these problems? <br></div><div><br></div><div>Input is 80S.pdb ribosome and its corresponding em map.<br></div><div><br></div><div> File &quot;/apps/PHENIX/1.18.2/phenix-1.18.2-3874/modules/cctbx_project/cctbx/geometry_restraints/manager.py&quot;, line 1486, in energies_sites<br>    flags=flags, sites_cart=sites_cart, site_labels=site_labels)<br><br>  File &quot;/apps/PHENIX/1.18.2/phenix-1.18.2-3874/modules/cctbx_project/cctbx/geometry_restraints/manager.py&quot;, line 1388, in pair_proxies<br>    check_bonded_distance_cutoff(sites_frac=sites_frac)<br><br>  File &quot;/apps/PHENIX/1.18.2/phenix-1.18.2-3874/modules/cctbx_project/cctbx/geometry_restraints/manager.py&quot;, line 1269, in check_bonded_distance_cutoff<br>    raise RuntimeError(msg)</div><div><br></div><div>Best regards</div><div><br></div><div>Firdous<br></div></div>