<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body>
<div dir="auto" style="">Hi Tynan,</div>
<div dir="auto" style=""><br>
</div>
<div dir="auto" style="">I'm assuming you are using coot 0.9.x</div>
<div dir="auto" style="color: rgb(33, 33, 33); background-color: rgb(255, 255, 255);">
<br>
</div>
<div dir="auto" style="color: rgb(33, 33, 33); background-color: rgb(255, 255, 255);">
To refine N-linked glycans (also disulfides) you can:</div>
<div dir="auto" style="color: rgb(33, 33, 33); background-color: rgb(255, 255, 255);">
<br>
</div>
<div dir="auto" style="color: rgb(33, 33, 33); background-color: rgb(255, 255, 255);">
1) use &quot;sphere real-space refine&quot; (default hot key Shift-R) whilst centred on the Asn side chain&nbsp;</div>
<div dir="auto" style="color: rgb(33, 33, 33); background-color: rgb(255, 255, 255);">
<br>
</div>
<div dir="auto" style="color: rgb(33, 33, 33); background-color: rgb(255, 255, 255);">
2)<span style="font-size: 12pt;">&nbsp;use &quot;refine tree&quot; in the glyco module.</span></div>
<div style=""><br>
</div>
<div style="" dir="auto">Hth,</div>
<div style="" dir="auto"><br>
</div>
<div style="" dir="auto">Dave</div>
<div id="ms-outlook-mobile-signature" dir="auto">
<div><br>
</div>
<div dir="auto">
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-family:Calibri, Helvetica, sans-serif;font-size:16px">
<br>
</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-family:Calibri, Helvetica, sans-serif;font-size:16px">
<b>Dr David C. Briggs CSci MRSB</b></p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-family:Calibri, Helvetica, sans-serif;font-size:16px">
Principal Laboratory Research Scientist</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-family:Calibri, Helvetica, sans-serif;font-size:16px">
Signalling and Structural Biology Lab</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-family:Calibri, Helvetica, sans-serif;font-size:16px">
The Francis Crick Institute</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-family:Calibri, Helvetica, sans-serif;font-size:16px">
London, UK</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-family:Calibri, Helvetica, sans-serif;font-size:16px">
==</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-family:Calibri, Helvetica, sans-serif;font-size:16px">
<a href="http://about.me/david_briggs">about.me/david_briggs</a></p>
<div id="mail-editor-reference-message-container" dir="auto"><br>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" style="font-size: 11pt;"><strong>From:</strong> phenixbb-bounces@phenix-online.org &lt;phenixbb-bounces@phenix-online.org&gt; on behalf of Tynan Young &lt;tyoung@coh.org&gt;<br>
<strong>Sent:</strong> Monday, 8 August 2022, 22:41<br>
<strong>To:</strong> phenixbb@phenix-online.org &lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;<br>
<strong>Subject:</strong> [phenixbb] Naming/refining glycosylation<br>
</div>
<br>
&nbsp;
<div style="border: 1px solid black; background-color: rgb(255, 235, 156); padding: 0.2em;">
<span style="font-size: 10pt;"><b>External Sender:</b></span> <span style="font-size: 10pt; color: black;">
Use caution.</span></div>
&nbsp;
<div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Hi all,</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
I am having issues with naming of glyco- groups and refining my glycosylated EM structure in Coot. I have noticed that many models use the same chain ID for the glyco- groups as the chain ID they are attached to (i.e. NAG/B/1301 would be linked to ASN/B/121).</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
When working with the model in Coot, I would like to refine only the ASN 121 and the NAG 1301 attached to it. However, due to the naming of the glyco- group, Coot will refine residues 121-1301. Not only is this very time-consuming, but it will disrupt the rest
 of the model - which I do not want to do. If I change the chain ID of the glyco- group to an altogether different chain ID, then I can no longer refine both the side chain and the glyco- group.&nbsp;</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Is there some naming scheme that avoids this issue?</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Any help is greatly appreciated. Thank you.</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Tynan</div>
<hr>
------------------------------------------------------------<br>
-SECURITY/CONFIDENTIALITY WARNING- <br>
<br>
This message and any attachments are intended solely for the individual or entity to which they are addressed. This communication may contain information that is privileged, confidential, or exempt from disclosure under applicable law (e.g., personal health
 information, research data, financial information). Because this e-mail has been sent without encryption, individuals other than the intended recipient may be able to view the information, forward it to others or tamper with the information without the knowledge
 or consent of the sender. If you are not the intended recipient, or the employee or person responsible for delivering the message to the intended recipient, any dissemination, distribution or copying of the communication is strictly prohibited. If you received
 the communication in error, please notify the sender immediately by replying to this message and deleting the message and any accompanying files from your system. If, due to the security risks, you do not wish to receive further communications via e-mail,
 please reply to this message and inform the sender that you do not wish to receive further e-mail from the sender. (LCP301)<br>
------------------------------------------------------------<br>
</div>
<br>
</div>
<p></p>
</div>
</div>
<p style="color:rgb(112,113,115);font-family: 'Trebuchet MS', 'Lucida Grande'; font-style: italic; font-size: 10pt;">
The Francis Crick Institute Limited is a registered charity in England and Wales no. 1140062 and a company registered in England and Wales no. 06885462, with its registered office at 1 Midland Road London NW1 1AT</p>
</body>
</html>