<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body>
    <p>Dear Tynan</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Because the residue numbers 121 and 1301 are not consecutive, the
      refinement program does not know that they are linked. <br>
    </p>
    <p>But it is not possible to make the numbers consecutive, there is
      the same problem with branched glycans.<br>
    </p>
    <p><br>
    </p>
    <p>In Coot, you have a Glyco module in the menu (different places
      depending on the version of Coot)</p>
    <p>that allows you to make the link between asparagine and
      N-acetylglucosamine. This link will be written in <br>
    </p>
    <p>the header of the output PDB file, you will have to check it
      remains in place throughout refinement. <br>
    </p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Moreover, I make a link.edit file to restrain the link, or you
      can also try to push it through ReadySet.</p>
    <p>Check the output PDB for the presence of the LINK record. You
      also want to avoid re-adding a hydrogen</p>
    <p>atom on the linking atom (N between ASN and NAG, O between 2
      sugars), because that would cause repulsion.</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>all the best</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Julie<br>
    </p>
    <p><br>
    </p>
    <p><br>
    </p>
    <div class="moz-cite-prefix">On 08/08/22 23:38, Tynan Young wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:SJ0PR02MB8657B4DFD55A2C7329F5643FD4639@SJ0PR02MB8657.namprd02.prod.outlook.com">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none;">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
        Hi all,</div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
        I am having issues with naming of glyco- groups and refining my
        glycosylated EM structure in Coot. I have noticed that many
        models use the same chain ID for the glyco- groups as the chain
        ID they are attached to (i.e. NAG/B/1301 would be linked to
        ASN/B/121).</div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
        When working with the model in Coot, I would like to refine only
        the ASN 121 and the NAG 1301 attached to it. However, due to the
        naming of the glyco- group, Coot will refine residues 121-1301.
        Not only is this very time-consuming, but it will disrupt the
        rest of the model - which I do not want to do. If I change the
        chain ID of the glyco- group to an altogether different chain
        ID, then I can no longer refine both the side chain and the
        glyco- group.�</div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
        Is there some naming scheme that avoids this issue?</div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
        Any help is greatly appreciated. Thank you.</div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
        Tynan</div>
      <hr>------------------------------------------------------------<br>
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      <br>
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phenixbb mailing list
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    </blockquote>
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      _______________
      Julie Bouckaert , chercheur CNRS UMR 8576 � l�Universit� de Lille
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://ugsf-umr-glycobiologie.univ-lille1.fr/spip.php?article217&amp;lang=fr">http://ugsf-umr-glycobiologie.univ-lille1.fr/spip.php?article217&amp;lang=fr</a>
      Unit� de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF) IRI,
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  </body>
</html>