<div dir="ltr">Hello Guys,<div>    I have a circular peptide structure solved from Xtal. The peptide is actually a circular peptide that has the N terminal and C terminal joined together by a peptide bond. When refining the structure, I had a problem getting the C-N terminal (between G34 and S2) joined together by the peptide bond. I even made a link between the C terminal carbon atom and N terminal N atom in coot and used this model as the input model to do the refinement using Phenix.refine. It seemed that the program didn&#39;t consider the link made in coot as a valid bond and intentionally avoid forming a bond between the C atom and the N atom. So, how can I solve this problem?</div><div>Thank you,</div><div>Best regards,</div><div>Jiang </div><div>Lin Chen Lab</div><div>University of Southern California</div><div><br></div><div><div>P.S.</div><div>coot manually made link between the C and N terminal</div></div><div><img src="cid:ii_l6suq6330" alt="unnamed.jpg" width="400" height="323"><br></div><div>After refinement<br></div><div><img src="cid:ii_l6suqxi51" alt="unnamed (1).jpg" width="400" height="377"><br></div></div>