<div dir="ltr">


        
        <span></span>Dear all,<br><br><br>I am trying to validate and then (hopefully) deposit a structure generated using the autoproc/staraniso staraniso_alldata-unique.mtz file as input for phenix.refine.<br><br>Autoproc also produces a cif file ( Data_1_autoPROC_STARANISO_all.cif) specifically for deposition.<br><br>Long story short, the PDB validation server complains about the lack of a freeR set for both files. I realized that, at least for the cif file, the r_free_flag is missing (but why does the .mtz for the isotropic dataset work??),so I then tried to use for validation the *.reflections.cif file that can be generated by phenix.refine. This file can actually produce a validation report, but I still have some questions:<br><br>1) Is it proper to use the .reflections.cif file for this purpose? During the upload I do see some errors (see pics); also, the final results show various RSRZ outliers in regions of the structure that look reasonably good by looking at the maps on coot, which seems odd ...<br><br>2) In case the *.reflections.cif is not adequate/sufficient for deposition (I sent an inquiry to the PDB, but they did not respond yet), can I just add a _refln.status column to the autoproc cif file (within the loop containing the r_free_flag) where I insert “f” for r_free_flag = 0 and “o” everywhere else?<br><br><br>Thank you in advance,<br><br><br>Andrea</div>