<div dir="ltr">Excellent, thank you so much!<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Em qui., 22 de dez. de 2022 às 11:56, Pavel Afonine &lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov">pafonine@lbl.gov</a>&gt; escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
  
    
  
  <div>
    <p>Hi Andre,</p>
    <p>ok, done! Any next version after dev-4822 will have it. Just run
      like</p>
    <p>phenix.reciprocal_space_arrays data.mtz model.pdb</p>
    <p>and output MTZ file will have CENTRIC_FLAGS array.</p>
    <p><a href="https://phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi?show_all=1" target="_blank">https://phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi?show_all=1</a><br>
    </p>
    <p>Pavel<br>
    </p>
    <div>On 12/22/22 05:38, Andre LB Ambrosio
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      <div dir="ltr">Dear Pavel, thank you for your kind reply.
        <div>Yes, some of my students are familiar with using CCTBX and
          will try now the access the centric_flags method. 
          <div>However, if you think that it could also be incorporated
            into phenix.reciprocal_space_arrays, to be used in the
            upcoming downloaded versions of Phenix, it would be greatly
            appreciated.</div>
        </div>
        <div>With best regards,</div>
        <div>Andre.</div>
      </div>
      <br>
      <div class="gmail_quote">
        <div dir="ltr" class="gmail_attr">Em qua., 21 de dez. de 2022 às
          20:03, Pavel Afonine &lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;
          escreveu:<br>
        </div>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi
          Andre,<br>
          <br>
          &gt; Is there a way to label centric and acentric reflections
          in the .mtz <br>
          &gt; file and output an additional column, let&#39;s say, with
          values 0 <br>
          &gt; (acentric) and 1 (centric), similar to R_free flags?<br>
          &gt;<br>
          &gt; Many thanks for your attention.<br>
          <br>
          I&#39;m not aware of Phenix tool to do this. However, if you use
          CCTBX then <br>
          you can access these flags as as a method of miller array
          class (called <br>
          &quot;centric_flags&quot;).<br>
          <br>
          I can help with the script if interested.<br>
          <br>
          Alternatively, I can extend this quite old command line
          program: <br>
          phenix.reciprocal_space_arrays -- it outputs lots of this kind
          of <br>
          technical arrays but just not the centric/acentric flag, but I
          can add it.<br>
          <br>
          Pavel<br>
          <br>
        </blockquote>
      </div>
      <br clear="all">
      <div><br>
      </div>
      -- <br>
      <div dir="ltr">
        <div dir="ltr">
          <div>Andre LB Ambrosio</div>
          <div>Associate Professor, IFSC/USP - Brazil</div>
          <div><a href="http://www.ifsc.usp.br/alba" target="_blank">www.ifsc.usp.br/alba</a><br>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
  </div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Andre LB Ambrosio</div><div>Associate Professor, IFSC/USP - Brazil</div><div><a href="http://www.ifsc.usp.br/alba" target="_blank">www.ifsc.usp.br/alba</a><br></div></div></div>