- cctbxbb - phenix-online.org

electron density value near an atom
by robert＠oeffner.net 06 Jun '26

06 Jun '26

Dear CCTBX users/developers I would like to calculate the theoretical electron density value at a point in space as a function of an atom specified by its coordinate and its form factor. I’ll assume it’s for a certain X-ray wavelength, say 1.0Å. If someone would have the time to give me a few pointers on how to do this using the CCTBX I'd be very grateful. Thanks in advance, Rob

4 3

chiral validation
by James Holton 06 Jun '26

06 Jun '26

Can anyone tell me the units of the numbers being displayed by phenix.chiral_validation? The --help documentation doesn't mention anything about chirality. Seems to be a copy of the documentation for omegalyze? Just thought that might be of interest, and I also want to know what the numbers mean. Cheers, -James

3 2

cluster coordinates to asymmetric unit
by robert＠oeffner.net 06 Jun '26

06 Jun '26

Hi, I'm trying to work out how to cluster atomic coordinates into one asymmetric unit in a crystal for a given spacegroup rather than the atomic coordinates placed in arbitrary asymmetric unit copies in the unit cell. I think the tools to be used must be in cctbx.crystal.direct_space_asu and I have been trying but failed to understand how the test tst_crystal_asu_clusters.py works. Is there already a phenix or cctbx program that can do this? Many thanks, Robert

4 3

atomic density profile at finite resolution
by robert＠oeffner.net 06 Jun '26

06 Jun '26

I came across this article https://doi.org/10.1107/S160057672201144X. Although I have yet to read it in details I wonder if the CCTBX can Fcalc maps at finite resolution, i.e. not using Gaussian atomic density profiles. It looks like the function in cctbx.maptbx.atom_curves.bcr_approx(...) is suited to do so. If so, how would I use this for generating a real space map as in https://cci.lbl.gov/docs/cctbx/script_1/#create-a-map-from-a-pdb-file but now using atomic density profiles at finite resolution? Many thanks, Robert

5 9

getting indices of selected grid elements of a map
by robert＠oeffner.net 06 Jun '26

06 Jun '26

Hi, I am wondering if there is an efficient way to retrieve the 3D indices of a selection from a map. In the example on https://cci.lbl.gov/docs/cctbx/doc_low_flex_advanced/#getting-indices-of-se… it is shown how to list the indices of a subset of grid elements of the map as in print(list(isel)) But isel is a 1D representation of 3d map indices. What if I want to get hold of the list of 3D indices corresponding to the indices in the isel array? Is there a fast boost-python way of doing this or would I have to do a 3D loop over the unit cell grid numbers to see if enumerated grid elements matches any of the elements in the isel array? Many thanks, Rob

3 5

reduce2 and cell construction from python script
by Enrico Ravera 06 Jun '26

06 Jun '26

Hi, I apologize for the naive post. I am trying to figure out how to perform the following tasks: 1) read in a mmcif file (which I think I can do following the tutorial); 2) trim the solvent and hydrogen atoms (probably I can do it following the tutorial); 3) run reduce2 to get hydrogens in the nuclear positions (no clue); 4) get the full content of the unit cell (no clue). Any help is appreciated. All the best, Enrico

4 12

API question
by robert＠oeffner.net 30 Mar '26

30 Mar '26

Hi, As far as I know variables produced with CCTBX in python that come out as flex arrays can be converted to numpy with a function, as_numpy_array(), that is a member of flex_array variables. I am wondering if there are methods for doing the reverse in CCTBX. Probably not difficult to write a python loop for a specific case. But more generally? Many thanks, Rob

2 2

Jerome Powell
by Son Kenneth 06 Mar '26

06 Mar '26

Hello, Greetings how're you I'm Jerome Powell from Washington DC United States 🇺🇲 . .. Good morning This Bank Of America Address: 3401 Connecticut Ave NW, Washington, DC 20008, United States Department: ATM card payment Federal How could you keep trusting people and at the end you will loose your hard earned money,or are you being deceived by their Fake names? They impersonate on many offices claiming to be the first lady JOE BIDDEN/ FBI one Office or the other.President Joe Biden United States • upresidentjoebiden(a)gmail.com Their game plan is only just to extort your hard earned money.And We Receive Information From Federal Republic of Benin Republic information Agency Clerk In Benin Republic YOU have been sending money to Benin Republic in order to receive your fund up till now You have not receive any dime rather they keep asking you for more money. ceochiefexecutiveofficermoynih(a)gmail.com You are receiving this email from This Rev bergoglio Jorge Mario the Rev Agent of Bank of America, and am writing to inform you that your payment which you have been struggling to receive has been approved and endorsed by the United Nation Organization authorities, minternationalimf(a)gmail.com Your details information has been confirmed with the instruction and approvals given from International Monetary Fund and Federal Bureau Investigation (FBI, Washington DC, USA regards The sum of US$90.,5000,000.00 which was deposited in our bank, and we have been instructed to pay you directly via personal ATM card The Management has resolved to open Personal ATM card Account for you with our bank and then give you the on-line access which will enable you to check and make withdrawal, transfer out to any part of the world of your choice with your ATM card. Jerome Powell321 • jeromepowell312hayden(a)gmail.com We are going to have this ATM card account open on your name as soon as you reply to this important e-mail and give you your new open account information’s for your record.Once we show you prove of fund by giving you the new Personal ATM Account and your real account balance of US$90.5,00,000.00 which is your full payment of the full amount credited to your ATM card We are only given you the benefit of doubt by agreeing in showing you that we are capable of opening the new ATM account on your behalf and give you the full withdrawal and transfer access for your record.Let me know that you agree and understand the important of this matter before we go Federal ReserveBank • rfederal84(a)gmail.com ahead and get this matter completed for you because we are professional in handling international matters like this. Kindly Send the Above information to enable us set the ATM account open for you. First Name : Last Name: State of Origin: Nationality: Phone: Marital Status: Gender: Date of Birth: Residential Address: City: State: Country: ZIP/Postal Code: Office Address: E-mail:Please, reconfirm your direct cell phone number to enable voice communication Looking forward for your next letter Thank you for your patient. PLEASE SEND YOUR NAME AS IT IS CLEARLY WRITTEN IN YOUR PASSPORT AND ID CARDS SO THAT WE WILL NOT MAKE MISTAKE. Regards Donald John Trump's • donaldjohntrumps94(a)gmail.com call or text krissymarshall1989(a)gmail.com As you read this may the peace of Almighty be with you.

1 0

Jerome Powell
by Son Kenneth 06 Mar '26

06 Mar '26

Hello, Greetings how're you I'm Jerome Powell from Washington DC United States 🇺🇲 . .. Good morning This Bank Of America Address: 3401 Connecticut Ave NW, Washington, DC 20008, United States Department: ATM card payment Federal How could you keep trusting people and at the end you will loose your hard earned money,or are you being deceived by their Fake names? They impersonate on many offices claiming to be the first lady JOE BIDDEN/ FBI one Office or the other.President Joe Biden United States • upresidentjoebiden(a)gmail.com Their game plan is only just to extort your hard earned money.And We Receive Information From Federal Republic of Benin Republic information Agency Clerk In Benin Republic YOU have been sending money to Benin Republic in order to receive your fund up till now You have not receive any dime rather they keep asking you for more money. ceochiefexecutiveofficermoynih(a)gmail.com You are receiving this email from This Rev bergoglio Jorge Mario the Rev Agent of Bank of America, and am writing to inform you that your payment which you have been struggling to receive has been approved and endorsed by the United Nation Organization authorities, minternationalimf(a)gmail.com Your details information has been confirmed with the instruction and approvals given from International Monetary Fund and Federal Bureau Investigation (FBI, Washington DC, USA regards The sum of US$90.,5000,000.00 which was deposited in our bank, and we have been instructed to pay you directly via personal ATM card The Management has resolved to open Personal ATM card Account for you with our bank and then give you the on-line access which will enable you to check and make withdrawal, transfer out to any part of the world of your choice with your ATM card. Jerome Powell321 • jeromepowell312hayden(a)gmail.com We are going to have this ATM card account open on your name as soon as you reply to this important e-mail and give you your new open account information’s for your record.Once we show you prove of fund by giving you the new Personal ATM Account and your real account balance of US$90.5,00,000.00 which is your full payment of the full amount credited to your ATM card We are only given you the benefit of doubt by agreeing in showing you that we are capable of opening the new ATM account on your behalf and give you the full withdrawal and transfer access for your record.Let me know that you agree and understand the important of this matter before we go Federal ReserveBank • rfederal84(a)gmail.com ahead and get this matter completed for you because we are professional in handling international matters like this. Kindly Send the Above information to enable us set the ATM account open for you. First Name : Last Name: State of Origin: Nationality: Phone: Marital Status: Gender: Date of Birth: Residential Address: City: State: Country: ZIP/Postal Code: Office Address: E-mail:Please, reconfirm your direct cell phone number to enable voice communication Looking forward for your next letter Thank you for your patient. PLEASE SEND YOUR NAME AS IT IS CLEARLY WRITTEN IN YOUR PASSPORT AND ID CARDS SO THAT WE WILL NOT MAKE MISTAKE. Regards Donald John Trump's • donaldjohntrumps94(a)gmail.com call or text krissymarshall1989(a)gmail.com As you read this may the peace of Almighty be with you.

1 0

Re: coot help
by 余雅梅 04 Mar '26

04 Mar '26

Thank you all. I'll try coot 1. Yamei > -----Original Messages----- > From: "Paul Emsley" <pemsley(a)mrc-lmb.cam.ac.uk> > Send time:Thursday, 03/05/2026 06:14:59 > To: "Pavel Afonine" <pafonine(a)lbl.gov>, "cctbx mailing list" <cctbxbb(a)phenix-online.org>, 余雅梅 <yamei_yu(a)scu.edu.cn> > Subject: Re: [cctbxbb] coot help > > Hello Yamei, > > (Thank you Pavel) > > Depends what you mean by "resolve." > > In the plane sense of the word, probably the best thing you could do is > keep throwing money at the XQuartz developers until they fix the issue. > Until then Coot 0.9.x is dead on macOS Tahoe. > > If, by "resolve" you mean "work-around" or "alternative" then Coot 1 is > the answer. > > There is a good chance that by the end of the month, Coot 1 and the > Phenix gui will work nicely together (if they don't already). > > Paul. > > On 04/03/2026 17:20, Pavel Afonine wrote: > > > > Hi Yamei, > > > > This isn’t the most appropriate mailing list for your question. This > > topic has been discussed extensively on ccp4bb. What you explain rings > > the bell. Search ccp4bb archives -- the conversation was somewhere > > around past month. > > > > Pavel > > > > On 3/3/26 18:25, 余雅梅 wrote: > >> Dear colleges, > >> > >> I recently upgraded my system to macOS Tahoe Version 26.2 before > >> noticing the warning: "Important: Do not upgrade to macOS Tahoe if > >> you are using COOT 0.9. XQuartz fix is not yet available." Now COOT > >> is no longer functional on my machine. Could anyone advise on how to > >> resolve this issue? > >> > >> Thank you so much! > >> > >> All the best! > >> > >> Yamei!

1 0

coot help
by 余雅梅 04 Mar '26

04 Mar '26

Dear colleges, I recently upgraded my system to macOS Tahoe Version 26.2 before noticing the warning: "Important: Do not upgrade to macOS Tahoe if you are using COOT 0.9. XQuartz fix is not yet available." Now COOT is no longer functional on my machine. Could anyone advise on how to resolve this issue? Thank you so much! All the best! Yamei!

2 1

انضم لحساب Canva Pro مجانًا الآن
by jibl3azzmenusa＠gmail.com 30 Sep '25

30 Sep '25

انضم الآن إلى حساب Canva Pro مجانًا عبر رابط الدعوة المخصص للمعلمين والطلاب في 2025، واستفد من جميع المزايا المدفوعة دون أي تكلفة. في هذا المقال نوضح لك كيفية الحصول على دعوة مجانية لحساب Canva Pro Edu، وما الذي يميزه عن الحسابات الأخرى، والخطوات العملية للتسجيل. https://www.targir.com/2025/02/canva-pro.html ما هو Canva Pro؟ Canva منصة تصميم مشهورة عالميًا تتيح إنشاء عروض تقديمية، ملصقات، منشورات اجتماعية، فيديوهات وغير ذلك بسهولة. الحساب المجاني يوفر أدوات وقوالب محدودة، بينما يقدم Canva Pro مكتبة ضخمة من الصور والفيديوهات، أدوات احترافية مثل إزالة الخلفية، وتخزين سحابي بسعة كبيرة. أنواع الحسابات الحساب المجاني: يتيح الوصول لآلاف القوالب وصور ورسومات محدودة، مع 5 جيجا تخزين. مناسب للمبتدئين. Canva Pro: مدفوع يوفر أكثر من 100 مليون صورة، قوالب متميزة، 1 تيرابايت تخزين، وأدوات مثل تغيير مقاسات التصميم. Canva Teams: مصمم للمؤسسات، مع مزايا تعاون فوري وتخصيص العلامة التجارية. Canva Pro Edu: مجاني للمعلمين والطلاب، يحتوي على جميع ميزات Canva Pro بالإضافة إلى أدوات تعليمية. كيف تحصل على Canva Pro Edu مجانًا؟ – التسجيل عبر رابط دعوة رسمي خاص بالتعليم. – إنشاء حساب جديد أو استخدام بريدك التعليمي إن توفر. – بعد قبول الدعوة، يتحول حسابك تلقائيًا إلى Canva Pro Edu مجاني بكامل المزايا. ماذا تحتاج للتسجيل؟ – أن تكون معلمًا أو طالبًا بمؤسسة تعليمية. – بريد إلكتروني مرتبط بالتعليم (مثل edu). – الانضمام عبر رابط دعوة نشط. هل يمكن الحصول على Canva Pro بطرق أخرى؟ نعم، هناك نسخة تجريبية مجانية لمدة 30 يومًا متاحة للجميع عبر الموقع الرسمي. خلال هذه الفترة تستمتع بجميع المزايا، ويمكنك إلغاء الاشتراك قبل انتهائها لتجنب الرسوم. أما الحصول على Canva Pro شخصي دائمًا بشكل مجاني فغير ممكن إلا عبر الدعوة التعليمية. أهم المزايا التي يقدمها Canva Pro Edu مجانًا – مكتبة تضم أكثر من 100 مليون صورة ورسوم وفيديوهات. – أكثر من 600 ألف قالب احترافي. – أدوات متقدمة مثل إزالة الخلفية وتغيير مقاسات التصاميم. – تخزين سحابي 1 تيرابايت. – إمكانية العمل الجماعي مع الطلاب والزملاء على مشاريع مشتركة. لماذا تختار Canva Pro Edu؟ هذا الحساب يمنحك جميع أدوات Canva Pro دون تكلفة، وهو مثالي للمدرسين لإعداد دروس تفاعلية، وللطلاب لإنشاء مشاريع وعروض احترافية. يساعدك على رفع جودة أعمالك ويوفر موارد ضخمة جاهزة للاستخدام. خاتمة إذا كنت طالبًا أو معلمًا، فإن أفضل طريقة للحصول على Canva Pro مجانًا هي عبر رابط الدعوة إلى Canva Pro Edu. بهذه الخطوة ستفتح لك جميع الأدوات المميزة دون أي رسوم. سجّل الآن واستفد من فرصة مذهلة تتيح لك تطوير تصاميمك التعليمية والشخصية، والوصول إلى مستوى احترافي باستخدام Canva Pro Edu في 2025.

1 0

شهادة الأبوة في المغرب
by jibl3azzmenusa＠gmail.com 29 Sep '25

29 Sep '25

كل ما تحتاج معرفته حول شهادة الأبوة بالمغرب يمكنك تحميل الطلب من خلال الرابط المباشر https://www.targir.com/2025/04/blog-post_14.html معلومات شاملة لاستخراج شهادة الأبوة والإجراءات القانونية المرتبطة بها ما هي شهادة الأبوة في المغرب؟ شهادة الأبوة وثيقة قانونية تصدر بناءً على حكم قضائي، وتُثبت العلاقة البنوية بين الطفل ووالده البيولوجي، في حال عدم وجود عقد زواج رسمي أو تسجيل سابق. تُعَد هذه الشهادة جزءًا من الإجراءات القضائية التي تدخل ضمن قضايا الحالة المدنية. الحالات التي تستوجب استخراج شهادة الأبوة 1. الأطفال غير المسجلين في الحالة المدنية عندما يولد طفل خارج إطار الزواج أو لم يُسجَّل بصفة قانونية في دفتر الحالة المدنية، يحتاج الأب إلى رفع دعوى للحصول على شهادة الأبوة. 2. إثبات النسب في غياب عقد زواج في حالات عدم توفر وثيقة الزواج بين الأبوين، يُلجأ إلى المحكمة لتقديم التصريح بالأبوة. إجراءات الحصول على شهادة الأبوة أولا: رفع دعوى أمام المحكمة يتوجب على الأب أو ولي أمر الطفل تقديم طلب إلى المحكمة الابتدائية التي يقع فيها مقر سكن الطفل أو الأب، وذلك من أجل إصدار حكم قضائي بإثبات الأبوة. ثانياً: الوثائق المطلوبة نسخة من بطاقة التعريف الوطنية عقد الازدياد الخاص بالطفل (إن وُجد) شهادة طبية للولادة شهادة السكنى وثائق أو إثباتات تدعم علاقة الأب بالطفل نموذج شهادة الأبوة pdf تتيح بعض المواقع الإلكترونية تحميل نموذج شهادة الأبوة PDF قابل للطباعة، غير أن إصدارها الرسمي لا يتم إلا بعد حكم قضائي، ويتم توجيهها لمصلحة الحالة المدنية لتسجيل الطفل. الأسئلة الشائعة حول شهادة الأبوة هل يمكن تقديم طلب شهادة الأبوة إلكترونياً؟ لا، المسطرة تظل قضائية وتتطلب الحضور أمام المحكمة. ما هي مدة الحصول على شهادة الأبوة؟ قد تختلف المدة حسب عدد الجلسات، ولكن عادة ما تستغرق بين شهر إلى ثلاثة أشهر، حسب تعقيد الملف. صلة بين شهادة الأبوة وبعض التصاريح القانونية الأخرى تم الربط ضمن هذا الدليل بين شهادة الأبوة وبعض المفاهيم القانونية الأخرى التي يبحث عنها الكثير، مثل: 1. التصريح الأمني وتصريح السفر غالباً ما يُطلب في بعض الحالات القانونية توفير تصريح أمني عند استخراج أوراق ثبوتية، كما هو الحال في: الأوراق المطلوبة لاستخراج تصريح السفر من منطقة التجنيد تصريح أمني مستعجل التصريح الأمني الإلكتروني 2. استبدال التصريح برخصة قيادة في حالات مثل شروط إصدار رخصة قيادة بعد التصريح أو تجديد التصريح إلى رخصة، من المهم التأكد من إثبات الهوية القانونية، وهو ما يجعل شهادة الأبوة ضرورية في بعض الحالات القانونية الخاصة. شهادة الأبوة الغاية من هذه الوثيقة هي إثبات علاقة الأبوة بالابن سواء كان راشدا أم قاصرا وغالبا ما تطلب في بعض المساطر الإدارية. صاحب الطلب المغربي المقيم بالخارج الوثائق المطلوبة بالنسبة للراشد : · بطاقة التسجيل ؛ · الدفتر العائلي بالنسبة للقاصر : · بطاقة تسجيل الأب ؛ · الدفتر العائلي . المصلحة المكلفة باستلام الوثائق المطلوبة المصالح القنصلية التابعة لمحل إقامة صاحب الطلب المصلحة المكلفة بتقديم الخدمة المصالح القنصلية التابعة لمحل إقامة صاحب الطلب في حالة تعذر الحصول على الخدمة مؤسسة الوسيط لأجل الاتصال وزارة الشؤون الخارجية والتعاون مصدر المعلومات (الإدارة المعنية) وزارة الشؤون الخارجية والتعاون_أرشيف يمكنك تحميل الطلب من خلال الرابط المباشر نموذج شهادة الأبوة بالمغرب محكمة الأسرة بـ: [اسم المدينة] رقم الملف: [يُترك للمحكمة] رقم القضية: [يُترك للمحكمة] بيان تصريح بالأبوة أنا الموقع أسفله: الاسم الكامل: [الاسم الكامل للأب] رقم بطاقة التعريف الوطنية: [رقم CIN] تاريخ ومكان الازدياد: [تاريخ ومكان ولادة الأب] العنوان الكامل: [عنوان الإقامة] المهنة: [المهنة الحالية] أُصرّح بموجب هذا، وبكامل قواي العقلية والقانونية، بما يلي: أن الطفل (ة) المسمى (ة): [اسم الطفل/ة] المولود (ة) بتاريخ: [تاريخ الولادة] بـ: [مكان الولادة] هو(هي) ابني/ابنتي البيولوجي(ة)، وقد وُلد(ت) نتيجة علاقة أبوية قائمة بيني وبين السيدة: [اسم الأم]، المولودة بتاريخ: [تاريخ ميلاد الأم]، والحاملة لرقم بطاقة التعريف الوطنية: [رقم CIN الأم]. وأتحمل كامل المسؤولية القانونية والأبوية تجاه هذا الطفل/ة، وأطلب من المحكمة الموقرة إصدار حكم قضائي يثبت نسب الطفل لي، وتمكينه من التسجيل في الحالة المدنية. الإمضاء الإسم الكامل: _____________________ التوقيع: ___________________________ التاريخ: ____ / ____ / ________ ملاحظات : يُرفق هذا النموذج بالوثائق الداعمة كـ: نسخة البطاقة الوطنية، شهادة السكنى، شهادة الولادة، وغيرها. يُودَع لدى كتابة ضبط المحكمة الابتدائية (قسم قضاء الأسرة) التي يقع ضمن اختصاصها محل ولادة الطفل أو محل سكن الأب.

1 0

شهادة الأبوة في المغرب
by jibl3azzmenusa＠gmail.com 29 Sep '25

29 Sep '25

شهادة الأبوة في المغرب

1 0

Windows 10 Retirement Date
by Billy Poon 26 May '25

26 May '25

Hi everyone, Microsoft will be dropping support for Windows 10 later this year on October 14, 2025. https://learn.microsoft.com/en-us/lifecycle/products/windows-10-home-and-pro Phenix intends to drop Windows 10 support after that date. Are there users where Windows 10 support is required after that date? Thanks! -- Billy K. Poon Research Scientist, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging Lawrence Berkeley National Laboratory 1 Cyclotron Road, M/S 33R0345 Berkeley, CA 94720 Fax: (510) 486-5909 Web: https://phenix-online.org

1 0

Hardware migration
by Billy Poon 18 Jun '24

18 Jun '24

Hi everyone, We are in the process of migrating these bulletin boards to new hardware over the next few weeks. I will make another post once the migration is completed. Nothing will be changed until then. Thanks! -- Billy K. Poon Research Scientist, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging Lawrence Berkeley National Laboratory 1 Cyclotron Road, M/S 33R0345 Berkeley, CA 94720 Fax: (510) 486-5909 Web: https://phenix-online.org

1 2

Test thread from website
by bkpoon＠lbl.gov 18 Jun '24

18 Jun '24

The bulletin board update has also enabled posting from the website

1 0

test post
by bkpoon＠lbl.gov 16 Jun '24

16 Jun '24

This is a test message

1 0

test post
by bkpoon＠lbl.gov 16 Jun '24

16 Jun '24

This is a test message

1 0

test post
by bkpoon＠lbl.gov 16 Jun '24

16 Jun '24

This is a test message

1 0

Python 3.12 release schedule
by Luc Bourhis 15 Mar '24

15 Mar '24

Hi, I see in the commit that you guys are working on supporting Python 3.12. With the latest version of Python 3.11 on Anaconda, we have a compatibility issue between Qt that we use and ICU 70.1 that cctbx requires. The problem is solved by moving to Python 3.12, hence my question: when can we hope to see a release with Python 3.12? No pressure! Just trying to plan ahead. Best wishes, Luc

2 6

Experimental gradients
by Kristoffer Lundgren 10 Oct '23

10 Oct '23

Hello all, I am wondering if it is possible to use cctbx to calculate gradients from experimental data? Both in reciprocal and real space is of interest. Are there any code examples available somewhere showcasing how this can be achieved? Best regards Kristoffer Lundgren

3 4

iterating over crystals
by David Waterman 17 Sep '23

17 Sep '23

Hi folks, I'm testing some code changes and would like to iterate over every space group and for each generate a random unit cell compatible with the Bravais symmetry. I've got the iteration sorted with space_group_symbol_iterator, but I'm not sure how best to generate some compatible unit cell from the space_group object. Is this something I could do easily with cctbx? Cheers, -- David

4 4

Unexpected (to me) behavior of flex.bool
by Pavel Afonine 16 Jun '23

16 Jun '23

Hi All, today it took me several hours to debug something that ended up being the result of this behavior: >>> from scitbx.array_family import flex >>> x = flex.bool(True, 5) >>> y = flex.bool(5, True) >>> list(x) [True] >>> list(y) [True, True, True, True, True] >>> I needed to pass a flex.bool array (with all True) into a C++ function and I was doing it as "x" above. In that C++ function there was no size check for incoming arrays (bad idea!) and then later in the code when accessing elements of this flex.bool array I was getting "random" numbers! I was pretty sure that flex.bool(True, 5) should lead to an assertion error! Was this always like this (and I was just super-lucky to never run into this issue in the past 20 years) or something has changed? Pavel

2 1

any plans for PDB files with long CCD codes?
by Marcin Wojdyr 16 May '23

16 May '23

Hello Cctbx and Phenix developers, as you know, extended CCD codes arrive this year. I'm looking into examples https://github.com/wwPDB/extended-wwPDB-identifier-examples and thinking what's the best way to convert such files to PDB. Do you plan anything in this matter, like it was done with https://cci.lbl.gov/hybrid_36/ in the past? Tentatively, I'm thinking about mapping residue names in the HETNAM record. For example, BB87Q would be mapped to a "3 letter code" that code would have a special character to make it different from normal 3-letter codes (let's say '%', or maybe '+' or '_' - I don't have a strong preference), and the original CCD code would be given in columns 72-79 of HETNAM that are currently unused: HETNAM BB% PHOSPHOSERINE [...] BB87Q

2 2