I’ve noticed that command line phenix.model_vs_sequence does not work in phenix-1.21rc1-5156.

 

Here’s the data:

 

[tannerjj@dizzy pdbs]$ which phenix.model_vs_sequence

/linux/src/phenix-1.21rc1-5156/build/bin/phenix.model_vs_sequence

[tannerjj@dizzy pdbs]$ phenix.model_vs_sequence 8DKP.pdb ../depo/8DKP.fasta

Traceback (most recent call last):

  File "/linux/src/phenix-1.21rc1-5156/build/../modules/cctbx_project/mmtbx/command_line/model_vs_sequence.py", line 75, in <module>

    run(sys.argv[1:])

  File "/linux/src/phenix-1.21rc1-5156/build/../modules/cctbx_project/mmtbx/command_line/model_vs_sequence.py", line 48, in run

    pdb_in = iotbx.pdb.inpu(params.input.pdb_file)

AttributeError: 'module' object has no attribute 'inpu'

 

 

It worked fine in phenix-1.20.1-4487:

 

[tannerjj@dizzy pdbs]$ source /linux/src/phenix-1.20.1-4487/phenix_env.csh

[tannerjj@dizzy pdbs]$ which phenix.model_vs_sequence

/linux/src/phenix-1.20.1-4487/build/bin/phenix.model_vs_sequence

[tannerjj@dizzy pdbs]$ phenix.model_vs_sequence 8DKP.pdb ../depo/8DKP.fasta

Skipping non-polymer chain 'A'

Skipping non-polymer chain 'B'

Skipping non-polymer chain 'A'

Skipping non-polymer chain 'B'

Chain 'A':

  best matching sequence: 8DKP_1|Chains

  sequence identity: 100.00%

  10 residue(s) missing from PDB chain (3 at start, 1 at end)

  1 gap(s) in chain

 

 

PDB file      ---QSTLRRAITAAYRRPETECLPPLVEAATQSKEIRDAAASTARKLIEALRGKHXXXXX     

                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          

sequence      SRPQSTLRRAITAAYRRPETECLPPLVEAATQSKEIRDAAASTARKLIEALRGKHSGSGS     

 

PDB file      XGSXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX     

               ||                                                              

sequence      SGS---------------------------------------------------------     

 

PDB file      XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXMMGEQFVTGETIREA     

                                                           |||||||||||||||     

sequence      ---------------------------------------------MMGEQFVTGETIREA     

 

PDB file      LKRSKELEEKGFSYSYDMLGEAATTAADAERYYRDYESAIHAIGKASAGRGIYEGPGISI     

              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     

sequence      LKRSKELEEKGFSYSYDMLGEAATTAADAERYYRDYESAIHAIGKASAGRGIYEGPGISI     

 

PDB file      KLSALHPRYSRAQAARVMGELLPRVKALALLAKNYDIGLNIDAEEADRLELSLDLLEVLC     

              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     

sequence      KLSALHPRYSRAQAARVMGELLPRVKALALLAKNYDIGLNIDAEEADRLELSLDLLEVLC     

 

PDB file      LDGDLSGWNGMGFVVQAYGKRCPFVLDFIIDLARRSGRRIMVRLVKGAYWDAEIKRAQLD     

              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     

sequence      LDGDLSGWNGMGFVVQAYGKRCPFVLDFIIDLARRSGRRIMVRLVKGAYWDAEIKRAQLD     

 

PDB file      GLADFPVFTRKIHTDVSYIACAAKLLAATDVVFPQFATHNAQTLAAIYHMAGKDFHVGKY     

              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     

sequence      GLADFPVFTRKIHTDVSYIACAAKLLAATDVVFPQFATHNAQTLAAIYHMAGKDFHVGKY     

 

PDB file      EFQCLHGMGEPLYEEVVGRGKLDRPCRIYAPVGTHETLLAYLVRRLLENGANSSFVHRIN     

              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     

sequence      EFQCLHGMGEPLYEEVVGRGKLDRPCRIYAPVGTHETLLAYLVRRLLENGANSSFVHRIN     

 

PDB file      DPKVSIDELIADPVEVV-     

              |||||||||||||||||      

sequence      DPKVSIDELIADPVEVVR     

 

Chain 'B':

  best matching sequence: 8DKP_1|Chains

  sequence identity: 100.00%

  8 residue(s) missing from PDB chain (0 at start, 1 at end)

  1 gap(s) in chain

 

 

PDB file      SRPQSTLRRAITAAYRRPETECLPPLVEAATQSKEIRDAAASTARKLIEALRGKHXXXXX     

              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          

sequence      SRPQSTLRRAITAAYRRPETECLPPLVEAATQSKEIRDAAASTARKLIEALRGKHSGSGS     

 

PDB file      XXSXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX     

                |                                                              

sequence      SGS---------------------------------------------------------     

 

PDB file      XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXMMGEQFVTGETIREA     

                                                           |||||||||||||||     

sequence      ---------------------------------------------MMGEQFVTGETIREA     

 

PDB file      LKRSKELEEKGFSYSYDMLGEAATTAADAERYYRDYESAIHAIGKASAGRGIYEGPGISI     

              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     

sequence      LKRSKELEEKGFSYSYDMLGEAATTAADAERYYRDYESAIHAIGKASAGRGIYEGPGISI     

 

PDB file      KLSALHPRYSRAQAARVMGELLPRVKALALLAKNYDIGLNIDAEEADRLELSLDLLEVLC     

              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     

sequence      KLSALHPRYSRAQAARVMGELLPRVKALALLAKNYDIGLNIDAEEADRLELSLDLLEVLC     

 

PDB file      LDGDLSGWNGMGFVVQAYGKRCPFVLDFIIDLARRSGRRIMVRLVKGAYWDAEIKRAQLD     

              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     

sequence      LDGDLSGWNGMGFVVQAYGKRCPFVLDFIIDLARRSGRRIMVRLVKGAYWDAEIKRAQLD     

 

PDB file      GLADFPVFTRKIHTDVSYIACAAKLLAATDVVFPQFATHNAQTLAAIYHMAGKDFHVGKY     

              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     

sequence      GLADFPVFTRKIHTDVSYIACAAKLLAATDVVFPQFATHNAQTLAAIYHMAGKDFHVGKY     

 

PDB file      EFQCLHGMGEPLYEEVVGRGKLDRPCRIYAPVGTHETLLAYLVRRLLENGANSSFVHRIN     

              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     

sequence      EFQCLHGMGEPLYEEVVGRGKLDRPCRIYAPVGTHETLLAYLVRRLLENGANSSFVHRIN     

 

PDB file      DPKVSIDELIADPVEVV-     

              |||||||||||||||||      

sequence      DPKVSIDELIADPVEVVR     

 

[tannerjj@dizzy pdbs]$ 

 

 

 

_______________________________________________
phenixbb mailing list
phenixbb@phenix-online.org
http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb
Unsubscribe: phenixbb-leave@phenix-online.org