Grant

You can use the data links that are defined in the Monomer Library (or define them yourself).  For example, the alpha 1-2 link is defined below.  You need to create a file something like this

refinement.pdb_interpretation.apply_cif_link {
  data_link = ALPHA1-2
  residue_selection_1 = chain A and resname GAL and resid 1
  residue_selection_2 = chain A and resname FUC and resid 2
}

and pass this to phenix.refine.  I leave the details to you.  You can read the glycosidic bond links in

$PHENIX/chem_data/mon_lib/list/mon_lib_list.cif starting at line 4080.

You can read more about linking at http://phenix-online.org/documentation/refinement.htm#anch78

Nigel

data_link_ALPHA1-2
#
loop_
_chem_link_bond.link_id
_chem_link_bond.atom_1_comp_id
_chem_link_bond.atom_id_1
_chem_link_bond.atom_2_comp_id
_chem_link_bond.atom_id_2
_chem_link_bond.type
_chem_link_bond.value_dist
_chem_link_bond.value_dist_esd
 ALPHA1-2 1 O2      2 C1        single       1.439    0.020
loop_
_chem_link_angle.link_id
_chem_link_angle.atom_1_comp_id
_chem_link_angle.atom_id_1
_chem_link_angle.atom_2_comp_id
_chem_link_angle.atom_id_2
_chem_link_angle.atom_3_comp_id
_chem_link_angle.atom_id_3
_chem_link_angle.value_angle
_chem_link_angle.value_angle_esd
 ALPHA1-2 1 C2      1 O2      2 C1      108.700    3.000
 ALPHA1-2 1 O2      2 C1      2 O5      112.300    3.000
 ALPHA1-2 1 O2      2 C1      2 C2      109.470    3.000
 ALPHA1-2 1 O2      2 C1      2 H1      109.470    3.000
loop_
_chem_link_tor.link_id
_chem_link_tor.id
_chem_link_tor.atom_1_comp_id
_chem_link_tor.atom_id_1
_chem_link_tor.atom_2_comp_id
_chem_link_tor.atom_id_2
_chem_link_tor.atom_3_comp_id
_chem_link_tor.atom_id_3
_chem_link_tor.atom_4_comp_id
_chem_link_tor.atom_id_4
_chem_link_tor.value_angle
_chem_link_tor.value_angle_esd
_chem_link_tor.period
 ALPHA1-2 ALPHA_1  1 O2     2 C1     2 C2     2 C3        0.00  20.0 1
 ALPHA1-2 ALPHA_2  1 C2     1 O2     2 C1     2 C2        0.00  20.0 1
 ALPHA1-2 ALPHA_3  1 C1     1 C2     1 O2     2 C1        0.00  20.0 1
loop_
_chem_link_chir.link_id
_chem_link_chir.atom_centre_comp_id
_chem_link_chir.atom_id_centre
_chem_link_chir.atom_1_comp_id
_chem_link_chir.atom_id_1
_chem_link_chir.atom_2_comp_id
_chem_link_chir.atom_id_2
_chem_link_chir.atom_3_comp_id
_chem_link_chir.atom_id_3
_chem_link_chir.volume_sign
 ALPHA1-2   2 C1      1 O2      2 O5      2 C2      negativ

On 4/27/10 4:21 PM, Hansman, Grant (NIH/VRC) [F] wrote:

How do I make trisaccharide, tetrasaccharides, etc from single monosaccharides?  I.e., how do I join the monosaccharides. Do I use ideal coordinates? Can I join them in coot?  I want to make HBGA Trisaccharide B.

 

That is, I want to join FUC-GAL-GLA, it would be FUC (C1)-GAL (O2)-GAL (C2) then GAL (C3)-GAL(O3)-GLA(C1)

 

 

 

ATOM      1  C1  FUC A   1       1.410   0.468  -0.410  1.00 10.00           C

ATOM      2  C2  FUC A   1       0.120   0.513  -1.233  1.00 10.00           C

ATOM      3  C3  FUC A   1      -0.831  -0.576  -0.728  1.00 10.00           C

ATOM      4  C4  FUC A   1      -1.016  -0.402   0.783  1.00 10.00           C

ATOM      5  C5  FUC A   1       0.359  -0.379   1.454  1.00 10.00           C

ATOM      6  C6  FUC A   1       0.185  -0.241   2.967  1.00 10.00           C

ATOM      7  O1  FUC A   1       2.007  -0.823  -0.535  1.00 10.00           O

ATOM      8  O2  FUC A   1       0.424   0.284  -2.610  1.00 10.00           O

ATOM      9  O3  FUC A   1      -2.094  -0.452  -1.385  1.00 10.00           O

ATOM     10  O4  FUC A   1      -1.700   0.824   1.044  1.00 10.00           O

ATOM     11  O5  FUC A   1       1.116   0.724   0.961  1.00 10.00           O

 

ATOM      1  C1  GAL A   1       1.384   0.161  -0.445  1.00 10.00           C

ATOM      2  C2  GAL A   1       0.328  -0.139  -1.512  1.00 10.00           C

ATOM      3  C3  GAL A   1      -0.975   0.575  -1.139  1.00 10.00           C

ATOM      4  C4  GAL A   1      -1.360   0.176   0.289  1.00 10.00           C

ATOM      5  C5  GAL A   1      -0.177   0.454   1.220  1.00 10.00           C

ATOM      6  C6  GAL A   1      -0.563   0.093   2.655  1.00 10.00           C

ATOM      7  O1  GAL A   1       2.612  -0.476  -0.802  1.00 10.00           O

ATOM      8  O2  GAL A   1       0.785   0.328  -2.782  1.00 10.00           O

ATOM      9  O3  GAL A   1      -2.011   0.186  -2.044  1.00 10.00           O

ATOM     10  O4  GAL A   1      -1.686  -1.213   0.327  1.00 10.00           O

ATOM     11  O5  GAL A   1       0.945  -0.328   0.819  1.00 10.00           O

ATOM     12  O6  GAL A   1       0.539   0.355   3.526  1.00 10.00           O

 

ATOM      1  C1  GLA A   1       1.424  -0.489  -0.382  1.00 10.00           C

ATOM      2  C2  GLA A   1       0.392  -0.498  -1.512  1.00 10.00           C

ATOM      3  C3  GLA A   1      -0.650   0.592  -1.244  1.00 10.00           C

ATOM      4  C4  GLA A   1      -1.222   0.387   0.163  1.00 10.00           C

ATOM      5  C5  GLA A   1      -0.068   0.330   1.166  1.00 10.00           C

ATOM      6  C6  GLA A   1      -0.630   0.161   2.579  1.00 10.00           C

ATOM      7  O1  GLA A   1       2.043   0.797  -0.316  1.00 10.00           O

ATOM      8  O2  GLA A   1       1.044  -0.242  -2.757  1.00 10.00           O

ATOM      9  O3  GLA A   1      -1.700   0.498  -2.209  1.00 10.00           O

ATOM     10  O4  GLA A   1      -1.958  -0.836   0.206  1.00 10.00           O

ATOM     11  O5  GLA A   1       0.783  -0.771   0.859  1.00 10.00           O

ATOM     12  O6  GLA A   1       0.446   0.112   3.517  1.00 10.00           O


_______________________________________________ phenixbb mailing list [email protected] http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb

-- 
Nigel W. Moriarty
Building 64R0246B, Physical Biosciences Division
Lawrence Berkeley National Laboratory
Berkeley, CA 94720-8235
Phone : 510-486-5709     Email : [email protected]
Fax   : 510-486-5909     Web   : CCI.LBL.gov