The output of autobuild lacks the CME residues that were in the input. I was hoping to have the CME stay in the pdb file so I don’t have to manually add it back in to a couple dozen structures of the same protein with different ligands. I don’t care as much if it is refined or rebuilt.
Best,
Kendall


On 1/19/11 12:02 PM, "Nigel Moriarty" <[email protected]> wrote:

Kendall

The CIF file you attached is a restraints file. It contains the
restraints for any residues in your model with the resid CME. To use
it, you just need to supply it to phenix.refine i.e. the
refinement.pdb_interpretation.apply_cif_modification shouldn't do
anything.

Do you wish to use the restraints in AutoBuild?

Nigel

On Wed, Jan 19, 2011 at 7:52 AM, Kendall Nettles <[email protected]> wrote:
> I’m running autobuild from a molecular replacement solution and having two
> problems:
>
> methionines are converted to MSE
> I’d like to include a .cif file for b-mercapto-ethanol adducted cysteines:
> CME. The .cif file is one that works for phenix.refine (listed below). I
> suspect I am not writing the .eff file correctly:
>
> refinement.pdb_interpretation.apply_cif_modification
> {
> ��data_mod = cme
> ��residue_selection = chain A and resid 530
> ��residue_selection = chain B and resid 381
> }
>
>
> Thanks!
> Kendall Nettles
>
>
>
> # electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
> # ��- a module of PHENIX version 1.6-289 (Mon Jan 21 12:43:00 2010)
> # ��- file written: Sat May 22 10:41:08 2010
> #
> # ��Input file: /AutoBuild_run_1_/TEMP0/LIGANDS.pdb
> # ��Residue: CME
> #
> data_comp_list
> loop_
> _chem_comp.id
> _chem_comp.three_letter_code
> _chem_comp.name
> _chem_comp.group
> _chem_comp.number_atoms_all
> _chem_comp.number_atoms_nh
> _chem_comp.desc_level
> CME �������CME 'Unknown �����������������' ligand 21 10 .
> #
> data_comp_CME
> #
> loop_
> _chem_comp_atom.comp_id
> _chem_comp_atom.atom_id
> _chem_comp_atom.type_symbol
> _chem_comp_atom.type_energy
> _chem_comp_atom.partial_charge
>
> CME ��������N �����N ��NH2 ��.
> CME ��������C �����C ��C1 ���.
> CME ��������O �����O ��O ����.
> CME ��������CA ����C ��CH1 ��.
> CME ��������CB ����C ��CH2 ��.
> CME ��������SG ����S ��S2 ���.
> CME ��������SD ����S ��S2 ���.
> CME ��������CE ����C ��CH2 ��.
> CME ��������CZ ����C ��CH2 ��.
> CME ��������OH ����O ��OH1 ��.
> CME �������H ������H ��HNH2 �.
> CME �������H2 �����H ��HNH2 �.
> CME �������HC1 ����H ��H ����.
> CME �������HA �����H ��HCH1 �.
> CME �������HB2 ����H ��HCH2 �.
> CME �������HB3 ����H ��HCH2 �.
> CME �������HE2 ����H ��HCH2 �.
> CME �������HE3 ����H ��HCH2 �.
> CME �������HZ2 ����H ��HCH2 �.
> CME �������HZ3 ����H ��HCH2 �.
> CME �������HH1 ����H ��HOH1 �.
> #
> loop_
> _chem_comp_bond.comp_id
> _chem_comp_bond.atom_id_1
> _chem_comp_bond.atom_id_2
> _chem_comp_bond.type
> _chem_comp_bond.value_dist
> _chem_comp_bond.value_dist_esd
> CME ��N ������CA ���single �������1.450 0.02
> CME ��C ������O ����double �������1.224 0.02
> CME ��C ������CA ���single �������1.492 0.02
> CME ��CA �����CB ���single �������1.497 0.02
> CME ��CB �����SG ���single �������1.780 0.02
> CME ��SG �����SD ���single �������2.018 0.02
> CME ��SD �����CE ���single �������1.783 0.02
> CME ��CE �����CZ ���single �������1.485 0.02
> CME ��CZ �����OH ���single �������1.374 0.02
> CME �H �������N ����single �������0.913 0.02
> CME �H2 ������N ����single �������0.914 0.02
> CME �HC1 �����C ����single �������0.965 0.02
> CME �HA ������CA ���single �������0.975 0.02
> CME �HB2 �����CB ���single �������0.966 0.02
> CME �HB3 �����CB ���single �������0.973 0.02
> CME �HE2 �����CE ���single �������0.972 0.02
> CME �HE3 �����CE ���single �������0.973 0.02
> CME �HZ2 �����CZ ���single �������0.976 0.02
> CME �HZ3 �����CZ ���single �������0.968 0.02
> CME �HH1 �����OH ���single �������0.880 0.02
> #
> loop_
> _chem_comp_angle.comp_id
> _chem_comp_angle.atom_id_1
> _chem_comp_angle.atom_id_2
> _chem_comp_angle.atom_id_3
> _chem_comp_angle.value_angle
> _chem_comp_angle.value_angle_esd
> CME ��C ������CA �����N ����������109.05 3.0
> CME ��CB �����CA �����N ����������110.14 3.0
> CME ��CB �����CA �����C ����������110.73 3.0
> CME ��CA �����C ������O ����������119.98 3.0
> CME ��SG �����CB �����CA ���������117.67 3.0
> CME ��SD �����SG �����CB ���������109.52 3.0
> CME ��CE �����SD �����SG ���������109.45 3.0
> CME ��CZ �����CE �����SD ���������117.64 3.0
> CME ��OH �����CZ �����CE ���������117.63 3.0
> CME �HA ������CA �����N ����������109.56 3.0
> CME �HA ������CA �����C ����������109.15 3.0
> CME �HC1 �����C ������O ����������120.00 3.0
> CME �H �������N ������CA ���������109.48 3.0
> CME �H2 ������N ������CA ���������109.47 3.0
> CME �HC1 �����C ������CA ���������120.00 3.0
> CME �HB2 �����CB �����CA ���������107.69 3.0
> CME �HB3 �����CB �����CA ���������107.72 3.0
> CME �HA ������CA �����CB ���������108.19 3.0
> CME �HB2 �����CB �����SG ���������107.73 3.0
> CME �HB3 �����CB �����SG ���������107.72 3.0
> CME �HE2 �����CE �����SD ���������107.78 3.0
> CME �HE3 �����CE �����SD ���������107.74 3.0
> CME �HZ2 �����CZ �����CE ���������107.71 3.0
> CME �HZ3 �����CZ �����CE ���������107.80 3.0
> CME �HE2 �����CE �����CZ ���������107.71 3.0
> CME �HE3 �����CE �����CZ ���������107.70 3.0
> CME �HH1 �����OH �����CZ ���������109.49 3.0
> CME �HZ2 �����CZ �����OH ���������107.74 3.0
> CME �HZ3 �����CZ �����OH ���������107.69 3.0
> CME �H2 ������N �����H �����������109.47 3.0
> CME �HB3 �����CB ����HB2 ���������107.97 3.0
> CME �HE3 �����CE ����HE2 ���������107.93 3.0
> CME �HZ3 �����CZ ����HZ2 ���������107.94 3.0
> #
> loop_
> _chem_comp_tor.comp_id
> _chem_comp_tor.id
> _chem_comp_tor.atom_id_1
> _chem_comp_tor.atom_id_2
> _chem_comp_tor.atom_id_3
> _chem_comp_tor.atom_id_4
> _chem_comp_tor.value_angle
> _chem_comp_tor.value_angle_esd
> _chem_comp_tor.period
> CME Var_01 ��O ������C ������CA �����N ����������133.07 �30.0 2
> CME Var_02 ��SG �����CB �����CA �����N ����������179.49 �30.0 3
> CME Var_03 ��SG �����CB �����CA �����C �����������58.80 �30.0 3
> CME Var_04 ��CB �����CA �����C ������O ���������-105.59 �30.0 3
> CME Var_05 ��SD �����SG �����CB �����CA ���������161.56 �30.0 3
> CME Var_06 ��CE �����SD �����SG �����CB ��������-172.66 �30.0 3
> CME Var_07 ��CZ �����CE �����SD �����SG ���������177.33 �30.0 3
> CME Var_08 ��OH �����CZ �����CE �����SD ����������45.37 �30.0 3
> CME Var_09 �HC1 �����C ������CA �����N ����������-45.35 �30.0 2
> CME Var_10 �HB2 �����CB �����CA �����N ����������-58.63 �30.0 3
> CME Var_11 �HB3 �����CB �����CA �����N �����������57.60 �30.0 3
> CME Var_12 �H �������N ������CA �����C ���������-165.67 �30.0 3
> CME Var_13 �H2 ������N ������CA �����C ����������-45.66 �30.0 3
> CME Var_14 �HB2 �����CB �����CA �����C ���������-179.32 �30.0 3
> CME Var_15 �HB3 �����CB �����CA �����C ����������-63.09 �30.0 3
> CME Var_16 �HA ������CA �����C ������O �����������13.41 �30.0 3
> CME Var_17 �H �������N ������CA �����CB ����������72.63 �30.0 3
> CME Var_18 �H2 ������N ������CA �����CB ��������-167.36 �30.0 3
> CME Var_19 �HC1 �����C ������CA �����CB ����������75.99 �30.0 2
> CME Var_20 �HA ������CA �����CB �����SG ���������-60.78 �30.0 2
> CME Var_21 �HE2 �����CE �����SD �����SG ����������55.43 �30.0 3
> CME Var_22 �HE3 �����CE �����SD �����SG ���������-60.81 �30.0 3
> CME Var_23 �HB2 �����CB �����SG �����SD ����������39.69 �30.0 1
> CME Var_24 �HB3 �����CB �����SG �����SD ���������-76.55 �30.0 1
> CME Var_25 �HZ2 �����CZ �����CE �����SD ���������167.25 �30.0 3
> CME Var_26 �HZ3 �����CZ �����CE �����SD ���������-76.51 �30.0 3
> CME Var_27 �HH1 �����OH �����CZ �����CE ���������173.81 �30.0 3
> CME Var_28 �HE2 �����CE �����CZ �����OH ���������167.31 �30.0 3
> CME Var_29 �HE3 �����CE �����CZ �����OH ���������-76.51 �30.0 3
> CME Var_30 �HA ������CA �����N �����H �����������-46.26 �30.0 3
> CME Var_31 �HA ������CA �����N �����H2 �����������73.74 �30.0 3
> CME Var_32 �HA ������CA �����C �����HC1 ��������-165.01 �30.0 3
> CME Var_33 �HB2 �����CB �����CA ����HA �����������61.10 �30.0 3
> CME Var_34 �HB3 �����CB �����CA ����HA ����������177.33 �30.0 3
> CME Var_35 �HZ2 �����CZ �����CE ����HE2 ���������-70.81 �30.0 3
> CME Var_36 �HZ3 �����CZ �����CE ����HE2 ����������45.43 �30.0 3
> CME Var_37 �HZ2 �����CZ �����CE ����HE3 ����������45.37 �30.0 3
> CME Var_38 �HZ3 �����CZ �����CE ����HE3 ���������161.61 �30.0 3
> CME Var_39 �HH1 �����OH �����CZ ����HZ2 ����������51.95 �30.0 3
> CME Var_40 �HH1 �����OH �����CZ ����HZ3 ���������-64.25 �30.0 3
> #
> loop_
> _chem_comp_chir.comp_id
> _chem_comp_chir.id
> _chem_comp_chir.atom_id_centre
> _chem_comp_chir.atom_id_1
> _chem_comp_chir.atom_id_2
> _chem_comp_chir.atom_id_3
> _chem_comp_chir.volume_sign
> CME chir_01 ��CA �����N ������C ������CB ���both
> #
>
> _______________________________________________
> phenixbb mailing list
> [email protected]
> http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb
>
>



--
Nigel W. Moriarty
Building 64R0246B, Physical Biosciences Division
Lawrence Berkeley National Laboratory
Berkeley, CA 94720-8235
Phone : 510-486-5709� �� Email : [email protected]
Fax�� : 510-486-5909� � �� Web� : CCI.LBL.gov
_______________________________________________
phenixbb mailing list
[email protected]
http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb