Dear experts,

 

I’m trying to refine a crystal structure of a peptide that contains some beta-amino acids. I have tried generating restraints with elbow from a sdf file. I changed the naming of the atoms to conform with the protein naming and added the L-peptide linking tag. This seems to work for refining and also local refine in coot works.

 

However, the peptide bond is not kept planar. Does anyone have an idea how to make sure the amide bond is correctly constrained?

 

I have included the restrained file I made for L-beta-Leucine below for reference.

 

Best wishes,

----------

Dr. Bram Mylemans

 

Post-doctoral Research Associate

Woolfson group

 

School of Chemistry

University of Bristol 

 

 

# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)

#   - a module of PHENIX version 1.20.1-4487-

#   - file written: Sun May 14 14:31:25 2023

#

#   Inital geometry file: a 60 line input string

#   Ligand name: (3S)-3-amino-5-methylhexanoic acid

#   Quantum optimisation: True

#   Method: uhf

#   Random seed: 3628800

#   SMILES string: CC(C)C[C@H](N)CC(O)=O

#

data_comp_list

loop_

_chem_comp.id

_chem_comp.three_letter_code

_chem_comp.name

_chem_comp.group

_chem_comp.number_atoms_all

_chem_comp.number_atoms_nh

_chem_comp.desc_level

B3L        B3L '(3S)-3-amino-5-methylhexanoic acid' L-peptide 24 10 .

#

data_comp_B3L

#

loop_

_chem_comp_atom.comp_id

_chem_comp_atom.atom_id

_chem_comp_atom.type_symbol

_chem_comp_atom.type_energy

_chem_comp_atom.charge

_chem_comp_atom.partial_charge

_chem_comp_atom.x

_chem_comp_atom.y

_chem_comp_atom.z

B3L         O      O   O      0  -0.621   -0.0468   -0.0672    0.0379

B3L         C      C   C      0   0.403    1.2030   -0.0409   -0.0524

B3L         CA     C   CH2    0  -0.215    2.0004    0.0099    1.2717

B3L         CB     C   CH1    0   0.109    1.5936   -1.1463    2.1941

B3L         N      N   NH2    0  -0.452    2.4198   -2.3233    1.9111

B3L         CG     C   CH2    0  -0.173    1.7636   -0.6462    3.6485

B3L         CD     C   CH1    0  -0.040    1.5804   -1.7407    4.6994

B3L         CE2    C   CH3    0  -0.160    1.9937   -1.1916    6.0651

B3L         CE1    C   CH3    0  -0.159    0.1402   -2.2497    4.7124

B3L         HA     H   HCH2   0   0.055    3.0941    0.0115    1.0876

B3L         HAA    H   HCH2   0   0.036    1.7870    0.9871    1.7352

B3L         HB     H   HCH1   0   0.088    0.5145   -1.4120    2.0199

B3L         HN     H   HNH2   0   0.153    1.9179   -3.1939    1.9355

B3L         HG     H   HCH2   0   0.049    2.7650   -0.1815    3.7540

B3L         HGA    H   HCH2   0   0.063    1.0542    0.1844    3.8432

B3L         HD     H   HCH1   0   0.048    2.2575   -2.6020    4.4708

B3L        H3E2    H   HCH3   0   0.033    2.4606   -1.9617    6.6915

B3L        H2E2    H   HCH3   0   0.049    2.7302   -0.3796    5.9910

B3L        H1E2    H   HCH3   0   0.045    1.1543   -0.7788    6.6358

B3L        H3E1    H   HCH3   0   0.045    0.0304   -3.1957    4.1675

B3L        H2E1    H   HCH3   0   0.034   -0.2410   -2.4354    5.7240

B3L        H1E1    H   HCH3   0   0.068   -0.5687   -1.5528    4.2450

B3L         OXT    O   OC    -1  -0.606    1.8564   -0.0003   -1.1279

B3L         HNA    H   HNH2   0   0.147    3.2587   -2.3840    2.4671

#

loop_

_chem_comp_bond.comp_id

_chem_comp_bond.atom_id_1

_chem_comp_bond.atom_id_2

_chem_comp_bond.type

_chem_comp_bond.value_dist

_chem_comp_bond.value_dist_esd

B3L   C       O     single        1.253 0.015

B3L   C       OXT   single        1.259 0.016

B3L   CA      C     single        1.546 0.037

B3L   CB      CA    single        1.534 0.036

B3L   CB      HB    single        1.125 0.040

B3L   N       CB    single        1.466 0.036

B3L   N       HNA   single        1.008 0.037

B3L   CG      CB    single        1.547 0.037

B3L   CG      HG    single        1.109 0.039

B3L   CD      CG    single        1.528 0.035

B3L   CD      CE1   single        1.528 0.035

B3L   CE2     CD    single        1.529 0.035

B3L   CE2    H1E2   single        1.096 0.038

B3L   CE1    H1E1   single        1.098 0.038

B3L   CE1    H3E1   single        1.097 0.038

B3L   HA      CA    single        1.109 0.037

B3L   HAA     CA    single        1.102 0.040

B3L   HN      N     single        1.005 0.037

B3L   HGA     CG    single        1.110 0.039

B3L   HD      CD    single        1.119 0.040

B3L  H3E2     CE2   single        1.097 0.038

B3L  H2E2     CE2   single        1.099 0.038

B3L  H2E1     CE1   single        1.097 0.038

#

loop_

_chem_comp_angle.comp_id

_chem_comp_angle.atom_id_1

_chem_comp_angle.atom_id_2

_chem_comp_angle.atom_id_3

_chem_comp_angle.value_angle

_chem_comp_angle.value_angle_esd

B3L   OXT     C       CA          117.56 2.401

B3L   CA      C       O           116.95 2.270

B3L   OXT     C       O           125.42 1.837

B3L   HAA     CA      HA          105.03 2.935

B3L   HAA     CA      CB          111.34 2.722

B3L   HA      CA      CB          111.25 2.583

B3L   HAA     CA      C           106.82 2.670

B3L   HA      CA      C           111.50 2.415

B3L   CB      CA      C           110.69 2.417

B3L   HB      CB      CG          109.11 2.657

B3L   CG      CB      N           112.27 2.657

B3L   HB      CB      N           108.74 2.657

B3L   CG      CB      CA          107.01 2.247

B3L   N       CB      CA          109.86 2.386

B3L   HB      CB      CA          109.83 2.388

B3L   HNA     N       HN          110.49 3.000

B3L   HN      N       CB          114.17 2.677

B3L   HNA     N       CB          114.27 2.682

B3L   HGA     CG      HG          104.29 2.953

B3L   HGA     CG      CD          109.80 2.649

B3L   HG      CG      CD          110.06 1.813

B3L   HGA     CG      CB          109.67 2.659

B3L   CD      CG      CB          113.69 2.657

B3L   HG      CG      CB          108.91 2.671

B3L   HD      CD      CE1         108.40 2.672

B3L   HD      CD      CE2         107.17 2.674

B3L   CE1     CD      CE2         111.53 2.389

B3L   HD      CD      CG          109.76 2.723

B3L   CE2     CD      CG          108.95 2.259

B3L   CE1     CD      CG          110.95 2.656

B3L  H1E2     CE2    H2E2         105.67 2.934

B3L  H2E2     CE2    H3E2         105.78 2.934

B3L  H1E2     CE2    H3E2         107.05 2.933

B3L  H2E2     CE2     CD          112.73 2.662

B3L  H3E2     CE2     CD          111.91 2.665

B3L  H1E2     CE2     CD          113.17 2.686

B3L  H1E1     CE1    H2E1         106.00 2.935

B3L  H2E1     CE1    H3E1         106.10 2.936

B3L  H1E1     CE1    H3E1         105.73 2.935

B3L  H2E1     CE1     CD          113.07 2.437

B3L  H3E1     CE1     CD          112.17 2.708

B3L  H1E1     CE1     CD          113.17 2.649

#

loop_

_chem_comp_tor.comp_id

_chem_comp_tor.id

_chem_comp_tor.atom_id_1

_chem_comp_tor.atom_id_2

_chem_comp_tor.atom_id_3

_chem_comp_tor.atom_id_4

_chem_comp_tor.value_angle

_chem_comp_tor.value_angle_esd

_chem_comp_tor.period

B3L Var_01         CB      CA      C       O            54.55  30.0 2

B3L Var_02         CE1     CD      CG      CB          -66.07  30.0 1

B3L Var_03        H1E1     CE1     CD      CG          -19.34  30.0 3

B3L Var_04        H1E2     CE2     CD      CG           93.46  30.0 3

#

loop_

_chem_comp_chir.comp_id

_chem_comp_chir.id

_chem_comp_chir.atom_id_centre

_chem_comp_chir.atom_id_1

_chem_comp_chir.atom_id_2

_chem_comp_chir.atom_id_3

_chem_comp_chir.volume_sign

B3L chir_01   CB      CA      N       CG    negativ

#

loop_

_chem_comp_plane_atom.comp_id

_chem_comp_plane_atom.plane_id

_chem_comp_plane_atom.atom_id

_chem_comp_plane_atom.dist_esd

B3L plan-1      O 0.020

B3L plan-1      C 0.020

B3L plan-1     CA 0.020

B3L plan-1    OXT 0.020