Starting mmtbx.development.electrons on Sun May 19 12:44:31 2024 by afonine =============================================================================== Processing files: ------------------------------------------------------------------------------- Found model, 7vvk_32142.pdb Processing PHIL parameters: ------------------------------------------------------------------------------- No PHIL parameters found Final processed PHIL parameters: ------------------------------------------------------------------------------- data_manager { model { file = "7vvk_32142.pdb" } default_model = "7vvk_32142.pdb" } Starting job =============================================================================== Distribution time : 717s ================================================================================ elec. dist. "ATOM 1 N GLN A 12 .*. N " : -1e "ATOM 27 NE ARG A 13 .*. N " : -1e "ATOM 66 OE2 GLU A 15 .*. O " : 1e "ATOM 81 OE2 GLU A 16 .*. O " : 1e "ATOM 96 NZ LYS A 17 .*. N " : -1e "ATOM 144 NE ARG A 20 .*. N " : -1e "ATOM 169 OE2 GLU A 21 .*. O " : 1e "ATOM 208 NZ LYS A 24 .*. N " : -1e "ATOM 230 NZ LYS A 25 .*. N " : -1e "ATOM 271 OE2 GLU A 27 .*. O " : 1e "ATOM 286 NZ LYS A 28 .*. N " : -1e "ATOM 361 NZ LYS A 32 .*. N " : -1e "ATOM 382 OD2 ASP A 33 .*. O " : 1e "ATOM 395 NZ LYS A 34 .*. N " : -1e "ATOM 470 NE ARG A 38 .*. N " : -1e "ATOM 520 NE2 HIS A 41 .*. N " : -1e "ATOM 536 NE ARG A 42 .*. N " : -1e "ATOM 653 OD2 ASP A 49 .*. O " : 1e "ATOM 698 NZ LYS A 53 .*. N " : -1e "ATOM 780 NZ LYS A 58 .*. N " : -1e "ATOM 835 NE ARG A 61 .*. N " : -1e "ATOM 860 OXT ILE A 62 .*. O " : 1e "ATOM 872 N GLY A 206 .*. N " : -1e "ATOM 928 OE2 GLU A 209 .*. O " : 1e "ATOM 957 NZ LYS A 211 .*. N " : -1e "ATOM 1031 OD2 ASP A 215 .*. O " : 1e "ATOM 1044 NZ LYS A 216 .*. N " : -1e "ATOM 1169 OD2 ASP A 223 .*. O " : 1e "ATOM 1228 NE ARG A 228 .*. N " : -1e "ATOM 1252 OD2 ASP A 229 .*. O " : 1e "ATOM 1265 OE2 GLU A 230 .*. O " : 1e "ATOM 1279 NE ARG A 231 .*. N " : -1e "ATOM 1303 NE ARG A 232 .*. N " : -1e "ATOM 1328 NZ LYS A 233 .*. N " : -1e "ATOM 1454 OD2 ASP A 240 .*. O " : 1e "ATOM 1596 OD2 ASP A 249 .*. O " : 1e "ATOM 1630 OD2 ASP A 252 .*. O " : 1e "ATOM 1677 NE ARG A 255 .*. N " : -1e "ATOM 1738 OE2 GLU A 258 .*. O " : 1e "ATOM 1835 NZ LYS A 264 .*. N " : -1e "ATOM 1938 NE ARG A 270 .*. N " : -1e "ATOM 2005 NE ARG A 273 .*. N " : -1e "ATOM 2181 NZ LYS A 283 .*. N " : -1e "ATOM 2219 OD2 ASP A 285 .*. O " : 1e "ATOM 2280 OE2 GLU A 289 .*. O " : 1e "ATOM 2295 NZ LYS A 290 .*. N " : -1e "ATOM 2369 NZ LYS A 295 .*. N " : -1e "ATOM 2402 NZ LYS A 297 .*. N " : -1e "ATOM 2443 OE2 GLU A 299 .*. O " : 1e "ATOM 2457 OD2 ASP A 300 .*. O " : 1e "ATOM 2525 OE2 GLU A 304 .*. O " : 1e "ATOM 2569 NE ARG A 307 .*. N " : -1e "ATOM 2657 OE2 GLU A 312 .*. O " : 1e "ATOM 2671 OD2 ASP A 313 .*. O " : 1e "ATOM 2722 OE2 GLU A 317 .*. O " : 1e "ATOM 2758 OE2 GLU A 320 .*. O " : 1e "ATOM 2772 OD2 ASP A 321 .*. O " : 1e "ATOM 2798 NE ARG A 323 .*. N " : -1e "ATOM 2852 NE ARG A 326 .*. N " : -1e "ATOM 2887 NZ LYS A 328 .*. N " : -1e "ATOM 2968 NE ARG A 332 .*. N " : -1e "ATOM 2992 OD2 ASP A 333 .*. O " : 1e "ATOM 3005 OE2 GLU A 334 .*. O " : 1e "ATOM 3058 NE ARG A 337 .*. N " : -1e "ATOM 3154 OD2 ASP A 344 .*. O " : 1e "ATOM 3173 NE ARG A 346 .*. N " : -1e "ATOM 3199 NE2 HIS A 347 .*. N " : -1e "ATOM 3370 OD2 ASP A 358 .*. O " : 1e "ATOM 3397 OE2 GLU A 360 .*. O " : 1e "ATOM 3435 NE ARG A 363 .*. N " : -1e "ATOM 3459 NE ARG A 364 .*. N " : -1e "ATOM 3536 OD2 ASP A 368 .*. O " : 1e "ATOM 3559 NE ARG A 370 .*. N " : -1e "ATOM 3583 OD2 ASP A 371 .*. O " : 1e "ATOM 3650 NE ARG A 375 .*. N " : -1e "ATOM 3727 NE ARG A 379 .*. N " : -1e "ATOM 3790 OE2 GLU A 382 .*. O " : 1e "ATOM 3824 OXT LEU A 384 .*. O " : 1e "ATOM 3836 N GLN B 1 .*. N " : -1e "ATOM 3874 OE2 GLU B 3 .*. O " : 1e "ATOM 3907 OD2 ASP B 5 .*. O " : 1e "ATOM 3955 NE ARG B 8 .*. N " : -1e "ATOM 3997 OE2 GLU B 10 .*. O " : 1e "ATOM 4022 OE2 GLU B 12 .*. O " : 1e "ATOM 4073 NZ LYS B 15 .*. N " : -1e "ATOM 4144 NE ARG B 19 .*. N " : -1e "ATOM 4168 OD2 ASP B 20 .*. O " : 1e "ATOM 4190 NE ARG B 22 .*. N " : -1e "ATOM 4215 NZ LYS B 23 .*. N " : -1e "ATOM 4267 OD2 ASP B 27 .*. O " : 1e "ATOM 4430 OD2 ASP B 38 .*. O " : 1e "ATOM 4479 NE ARG B 42 .*. N " : -1e "ATOM 4556 NE ARG B 46 .*. N " : -1e "ATOM 4594 NE ARG B 48 .*. N " : -1e "ATOM 4618 NE ARG B 49 .*. N " : -1e "ATOM 4675 NE ARG B 52 .*. N " : -1e "ATOM 4705 ND1 HIS B 54 .*. N " : -1e "ATOM 4754 NZ LYS B 57 .*. N " : -1e "ATOM 4904 OD2 ASP B 66 .*. O " : 1e "ATOM 4927 NE ARG B 68 .*. N " : -1e "ATOM 5054 OD2 ASP B 76 .*. O " : 1e "ATOM 5074 NZ LYS B 78 .*. N " : -1e "ATOM 5176 OD2 ASP B 83 .*. O " : 1e "ATOM 5263 NZ LYS B 89 .*. N " : -1e "ATOM 5379 NE ARG B 96 .*. N " : -1e "ATOM 5685 OD2 ASP B 118 .*. O " : 1e "ATOM 5826 NZ LYS B 127 .*. N " : -1e "ATOM 5861 NE ARG B 129 .*. N " : -1e "ATOM 5886 OE2 GLU B 130 .*. O " : 1e "ATOM 5937 NE ARG B 134 .*. N " : -1e "ATOM 5988 NE ARG B 137 .*. N " : -1e "ATOM 6013 OE2 GLU B 138 .*. O " : 1e "ATOM 6174 NE ARG B 150 .*. N " : -1e "ATOM 6237 OD2 ASP B 153 .*. O " : 1e "ATOM 6249 OD2 ASP B 154 .*. O " : 1e "ATOM 6370 OD2 ASP B 163 .*. O " : 1e "ATOM 6474 OD2 ASP B 170 .*. O " : 1e "ATOM 6506 OE2 GLU B 172 .*. O " : 1e "ATOM 6660 NE2 HIS B 183 .*. N " : -1e "ATOM 6697 OD2 ASP B 186 .*. O " : 1e "ATOM 6826 OD2 ASP B 195 .*. O " : 1e "ATOM 6852 NE ARG B 197 .*. N " : -1e "ATOM 6970 OD2 ASP B 205 .*. O " : 1e "ATOM 7014 NZ LYS B 209 .*. N " : -1e "ATOM 7078 OD2 ASP B 212 .*. O " : 1e "ATOM 7106 NE ARG B 214 .*. N " : -1e "ATOM 7131 OE2 GLU B 215 .*. O " : 1e "ATOM 7180 NE ARG B 219 .*. N " : -1e "ATOM 7294 OE2 GLU B 226 .*. O " : 1e "ATOM 7319 OD2 ASP B 228 .*. O " : 1e "ATOM 7565 OD2 ASP B 246 .*. O " : 1e "ATOM 7577 OD2 ASP B 247 .*. O " : 1e "ATOM 7624 NE ARG B 251 .*. N " : -1e "ATOM 7687 OD2 ASP B 254 .*. O " : 1e "ATOM 7718 NE ARG B 256 .*. N " : -1e "ATOM 7752 OD2 ASP B 258 .*. O " : 1e "ATOM 7782 OE2 GLU B 260 .*. O " : 1e "ATOM 7895 OD2 ASP B 267 .*. O " : 1e "ATOM 8080 NZ LYS B 280 .*. N " : -1e "ATOM 8119 NE ARG B 283 .*. N " : -1e "ATOM 8238 OD2 ASP B 290 .*. O " : 1e "ATOM 8250 OD2 ASP B 291 .*. O " : 1e "ATOM 8361 OD2 ASP B 298 .*. O " : 1e "ATOM 8403 NZ LYS B 301 .*. N " : -1e "ATOM 8434 OD2 ASP B 303 .*. O " : 1e "ATOM 8446 NE ARG B 304 .*. N " : -1e "ATOM 8538 ND1 HIS B 311 .*. N " : -1e "ATOM 8557 OD2 ASP B 312 .*. O " : 1e "ATOM 8583 NE ARG B 314 .*. N " : -1e "ATOM 8701 OD2 ASP B 322 .*. O " : 1e "ATOM 8713 OD2 ASP B 323 .*. O " : 1e "ATOM 8841 OD2 ASP B 333 .*. O " : 1e "ATOM 8904 NZ LYS B 337 .*. N " : -1e "ATOM 8969 OXT ASN B 340 .*. O " : 1e "ATOM 8976 N SER G 8 .*. N " : -1e "ATOM 9052 NE ARG G 13 .*. N " : -1e "ATOM 9077 NZ LYS G 14 .*. N " : -1e "ATOM 9134 OE2 GLU G 17 .*. O " : 1e "ATOM 9185 NZ LYS G 20 .*. N " : -1e "ATOM 9224 OE2 GLU G 22 .*. O " : 1e "ATOM 9281 OD2 ASP G 26 .*. O " : 1e "ATOM 9293 NE ARG G 27 .*. N " : -1e "ATOM 9337 NZ LYS G 29 .*. N " : -1e "ATOM 9386 NZ LYS G 32 .*. N " : -1e "ATOM 9437 OD2 ASP G 36 .*. O " : 1e "ATOM 9528 OE2 GLU G 42 .*. O " : 1e "ATOM 9580 NZ LYS G 46 .*. N " : -1e "ATOM 9602 OE2 GLU G 47 .*. O " : 1e "ATOM 9616 OD2 ASP G 48 .*. O " : 1e "ATOM 9760 OE2 GLU G 58 .*. O " : 1e "ATOM 9822 NE ARG G 62 .*. N " : -1e "ATOM 9826 OXT ARG G 62 .*. O " : 1e "ATOM 9840 N GLN N 1 .*. N " : -1e "ATOM 9936 OE2 GLU N 6 .*. O " : 1e "ATOM 10092 NE ARG N 19 .*. N " : -1e "ATOM 10295 NZ LYS N 33 .*. N " : -1e "ATOM 10387 NE ARG N 38 .*. N " : -1e "ATOM 10460 NZ LYS N 43 .*. N " : -1e "ATOM 10508 OE2 GLU N 46 .*. O " : 1e "ATOM 10573 OD2 ASP N 50 .*. O " : 1e "ATOM 10771 NZ LYS N 65 .*. N " : -1e "ATOM 10799 NE ARG N 67 .*. N " : -1e "ATOM 10887 NE ARG N 72 .*. N " : -1e "ATOM 10911 OD2 ASP N 73 .*. O " : 1e "ATOM 10948 NZ LYS N 76 .*. N " : -1e "ATOM 11135 NZ LYS N 87 .*. N " : -1e "ATOM 11171 OE2 GLU N 89 .*. O " : 1e "ATOM 11185 OD2 ASP N 90 .*. O " : 1e "ATOM 11299 NE ARG N 98 .*. N " : -1e "ATOM 11405 NE ARG N 105 .*. N " : -1e "ATOM 11429 OD2 ASP N 106 .*. O " : 1e "ATOM 11471 OD2 ASP N 109 .*. O " : 1e "ATOM 11604 NE ARG N 118 .*. N " : -1e "ATOM 11746 OXT SER N 128 .*. O " : 1e "ATOM 11752 N SER P 1 .*. N " : -1e "ATOM 11800 OE2 GLU P 4 .*. O " : 1e "ATOM 11885 ND1 HIS P 9 .*. N " : -1e "ATOM 11945 NZ LYS P 13 .*. N " : -1e "ATOM 12045 OE2 GLU P 19 .*. O " : 1e "ATOM 12059 NE ARG P 20 .*. N " : -1e "ATOM 12100 OE2 GLU P 22 .*. O " : 1e "ATOM 12157 NE ARG P 25 .*. N " : -1e "ATOM 12182 NZ LYS P 26 .*. N " : -1e "ATOM 12204 NZ LYS P 27 .*. N " : 2e "ATOM 12258 OD2 ASP P 30 .*. O " : 1e "ATOM 12288 NE2 HIS P 32 .*. N " : -1e "ATOM 12322 OXT PHE P 34 .*. O " : 1e "ATOM 12332 N VAL R 31 .*. N " : -1e "ATOM 12389 NZ LYS R 34 .*. N " : 2e "ATOM 12408 OE2 GLU R 35 .*. O " : 1e "ATOM 12423 OE2 GLU R 36 .*. O " : 1e "ATOM 12548 NE ARG R 43 .*. N " : -1e "ATOM 12619 N CYS R 48 .*. N " : 1e "ATOM 12636 OE2 GLU R 49 .*. O " : 1e "ATOM 12637 OXT GLU R 49 .*. O " : 1e "ATOM 12644 N GLU R 111 .*. N " : -1e "ATOM 12652 OE2 GLU R 111 .*. O " : 1e "ATOM 12692 OD2 ASP R 113 .*. O " : 1e "ATOM 12776 OXT TRP R 118 .*. O " : 1e "ATOM 12787 N VAL R 127 .*. N " : -1e "ATOM 12876 OD2 ASP R 133 .*. O " : 1e "ATOM 12949 OD2 ASP R 137 .*. O " : 1e "ATOM 13013 NZ LYS R 141 .*. N " : -1e "ATOM 13089 NE ARG R 146 .*. N " : -1e "ATOM 13091 NH1 ARG R 146 .*. N " : 1e "ATOM 13112 NE ARG R 147 .*. N " : -1e "ATOM 13147 OD2 ASP R 149 .*. O " : 1e "ATOM 13159 NE ARG R 150 .*. N " : -1e "ATOM 13240 OE2 GLU R 155 .*. O " : 1e "ATOM 13273 OXT VAL R 157 .*. O " : 1e "ATOM 13283 N THR R 163 .*. N " : -1e "ATOM 13387 OE2 GLU R 169 .*. O " : 1e "ATOM 13428 NZ LYS R 172 .*. N " : -1e "ATOM 13470 OXT LEU R 174 .*. O " : 1e "ATOM 13482 N ARG R 179 .*. N " : -1e "ATOM 13489 NE ARG R 179 .*. N " : -1e "ATOM 13516 OE2 GLU R 180 .*. O " : 1e "ATOM 13530 NE ARG R 181 .*. N " : -1e "ATOM 13555 OE2 GLU R 182 .*. O " : 1e "ATOM 13605 OD2 ASP R 185 .*. O " : 1e "ATOM 13617 NE ARG R 186 .*. N " : -1e "ATOM 14043 NE ARG R 213 .*. N " : -1e "ATOM 14067 NE ARG R 214 .*. N " : -1e "ATOM 14152 NE ARG R 219 .*. N " : -1e "ATOM 14406 NE ARG R 233 .*. N " : -1e "ATOM 14523 NZ LYS R 240 .*. N " : -1e "ATOM 14544 OD2 ASP R 241 .*. O " : 1e "ATOM 14621 OXT SER R 246 .*. O " : 1e "ATOM 14627 N TYR R 278 .*. N " : -1e "ATOM 14684 NE ARG R 282 .*. N " : -1e "ATOM 15042 OE2 GLU R 302 .*. O " : 1e "ATOM 15287 OE2 GLU R 317 .*. O " : 1e "ATOM 15302 NZ LYS R 318 .*. N " : -1e "ATOM 15324 NZ LYS R 319 .*. N " : -1e "ATOM 15712 NE ARG R 343 .*. N " : -1e "ATOM 15858 OD2 ASP R 353 .*. O " : 1e "ATOM 15933 NZ LYS R 359 .*. N " : -1e "ATOM 15955 NZ LYS R 360 .*. N " : -1e "ATOM 16358 NE ARG R 383 .*. N " : -1e "ATOM 16442 NZ LYS R 388 .*. N " : -1e "ATOM 16482 NE ARG R 390 .*. N " : -1e "ATOM 16507 OE2 GLU R 391 .*. O " : 1e "ATOM 16521 OXT THR R 392 .*. O " : 1e "ATOM 16529 N ASP R 398 .*. N " : -1e "ATOM 16536 OD2 ASP R 398 .*. O " : 1e "ATOM 16564 NE ARG R 400 .*. N " : -1e "ATOM 16643 NE ARG R 404 .*. N " : -1e "ATOM 16668 NZ LYS R 405 .*. N " : -1e "ATOM 16728 NZ LYS R 408 .*. N " : -1e "ATOM 17105 OE2 GLU R 431 .*. O " : 1e "ATOM 17316 OE2 GLU R 444 .*. O " : 1e "ATOM 17644 OE2 GLU R 465 .*. O " : 1e "ATOM 17702 OE2 GLU R 469 .*. O " : 1e "ATOM 17736 NZ LYS R 471 .*. N " : -1e "ATOM 17758 NZ LYS R 472 .*. N " : -1e "ATOM 17825 NE ARG R 476 .*. N " : -1e "ATOM 17873 OXT THR R 478 .*. O " : 1e Validation report Element has strange number of electrons N : 1 "ATOM 12619 N CYS R 48 .*. N " "ATOM 13091 NH1 ARG R 146 .*. N " HINT: N terminal (or break) missing hydrogen atoms Element has strange number of electrons N : 2 "ATOM 12204 NZ LYS P 27 .*. N " "ATOM 12389 NZ LYS R 34 .*. N " Unlikely charge for ARG of -1 " ARG R 179 " Unlikely charge for LYS of 3 " LYS P 27 " " LYS R 34 " HINT: Missing side chain atoms =============================================================================== Job complete usr+sys time: 745.40 seconds wall clock time: 12 minutes 25.41 seconds (745.41 seconds total)