Starting mmtbx.development.electrons on Sun May 19 12:44:31 2024 by afonine =============================================================================== Processing files: ------------------------------------------------------------------------------- Found model, 8dl8_27499.pdb Processing PHIL parameters: ------------------------------------------------------------------------------- No PHIL parameters found Final processed PHIL parameters: ------------------------------------------------------------------------------- data_manager { model { file = "8dl8_27499.pdb" } default_model = "8dl8_27499.pdb" } Starting job =============================================================================== Distribution time : 440s ================================================================================ elec. dist. "ATOM 1 N GLY A 15 .*. N " : -1e "ATOM 57 OD2 ASP A 19 .*. O " : 1e "ATOM 145 NZ LYS A 25 .*. N " : -1e "ATOM 374 OD2 ASP A 39 .*. O " : 1e "ATOM 386 NE ARG A 40 .*. 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O " : 1e "ATOM 13414 OXT ALA D 238 .*. O " : 1e Validation report Element has strange number of electrons C : 1 "ATOM 12414 CE1 TYR D 170 .*. C " Element has strange number of electrons N : 2 "ATOM 9404 NE2 GLN C 186 .*. N " "ATOM 10025 NZ LYS C 227 .*. N " Unlikely charge for GLN of 2 " GLN C 186 " HINT: Missing side chain atoms Unlikely charge for LYS of 3 " LYS C 227 " HINT: Missing side chain atoms =============================================================================== Job complete usr+sys time: 459.28 seconds wall clock time: 7 minutes 39.26 seconds (459.26 seconds total)