Starting mmtbx.development.electrons on Sun May 19 12:44:31 2024 by afonine =============================================================================== Processing files: ------------------------------------------------------------------------------- Found model, 8g94_29861.pdb Processing PHIL parameters: ------------------------------------------------------------------------------- No PHIL parameters found Final processed PHIL parameters: ------------------------------------------------------------------------------- data_manager { model { file = "8g94_29861.pdb" } default_model = "8g94_29861.pdb" } Starting job =============================================================================== Distribution time : 816s ================================================================================ elec. dist. "ATOM 1 N VAL A 20 .*. N " : -1e "ATOM 61 OD2 ASP A 23 .*. O " : 1e "ATOM 127 NE ARG A 27 .*. N " : -1e "ATOM 246 NZ LYS A 34 .*. N " : -1e "ATOM 301 OXT ILE A 37 .*. 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C " Element has strange number of electrons N : 1 "ATOM 18571 ND2 ASN G 61 .*. N " HINT: N terminal (or break) missing hydrogen atoms Element has strange number of electrons N : 2 "ATOM 18524 NZ LYS G 58 .*. N " Unlikely charge for LYS of -1 " LYS A 46 " " LYS A 250 " Unlikely charge for LYS of 3 " LYS G 58 " HINT: Missing side chain atoms =============================================================================== Job complete usr+sys time: 846.11 seconds wall clock time: 14 minutes 6.09 seconds (846.09 seconds total)