<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:x="urn:schemas-microsoft-com:office:excel" xmlns:p="urn:schemas-microsoft-com:office:powerpoint" xmlns:a="urn:schemas-microsoft-com:office:access" xmlns:dt="uuid:C2F41010-65B3-11d1-A29F-00AA00C14882" xmlns:s="uuid:BDC6E3F0-6DA3-11d1-A2A3-00AA00C14882" xmlns:rs="urn:schemas-microsoft-com:rowset" xmlns:z="#RowsetSchema" xmlns:b="urn:schemas-microsoft-com:office:publisher" xmlns:ss="urn:schemas-microsoft-com:office:spreadsheet" xmlns:c="urn:schemas-microsoft-com:office:component:spreadsheet" xmlns:odc="urn:schemas-microsoft-com:office:odc" xmlns:oa="urn:schemas-microsoft-com:office:activation" xmlns:html="http://www.w3.org/TR/REC-html40" xmlns:q="http://schemas.xmlsoap.org/soap/envelope/" xmlns:rtc="http://microsoft.com/officenet/conferencing" xmlns:D="DAV:" xmlns:Repl="http://schemas.microsoft.com/repl/" xmlns:mt="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/meetings/" xmlns:x2="http://schemas.microsoft.com/office/excel/2003/xml" xmlns:ppda="http://www.passport.com/NameSpace.xsd" xmlns:ois="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/ois/" xmlns:dir="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/directory/" xmlns:ds="http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#" xmlns:dsp="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/dsp" xmlns:udc="http://schemas.microsoft.com/data/udc" xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:sub="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/2002/1/alerts/" xmlns:ec="http://www.w3.org/2001/04/xmlenc#" xmlns:sp="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/" xmlns:sps="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:udcs="http://schemas.microsoft.com/data/udc/soap" xmlns:udcxf="http://schemas.microsoft.com/data/udc/xmlfile" xmlns:udcp2p="http://schemas.microsoft.com/data/udc/parttopart" xmlns:wf="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/workflow/" xmlns:dsss="http://schemas.microsoft.com/office/2006/digsig-setup" xmlns:dssi="http://schemas.microsoft.com/office/2006/digsig" xmlns:mdssi="http://schemas.openxmlformats.org/package/2006/digital-signature" xmlns:mver="http://schemas.openxmlformats.org/markup-compatibility/2006" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns:mrels="http://schemas.openxmlformats.org/package/2006/relationships" xmlns:spwp="http://microsoft.com/sharepoint/webpartpages" xmlns:ex12t="http://schemas.microsoft.com/exchange/services/2006/types" xmlns:ex12m="http://schemas.microsoft.com/exchange/services/2006/messages" xmlns:pptsl="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/SlideLibrary/" xmlns:spsl="http://microsoft.com/webservices/SharePointPortalServer/PublishedLinksService" xmlns:Z="urn:schemas-microsoft-com:" xmlns:st="&#1;" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Hi Ralf,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">OK, let&#8217;s see what I can do with this &#8211; looks like this is the &#8220;bridge&#8221; I was looking for&#8230;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Assume I will figure it out! If I get really stuck I will get back to you, otherwise will send patch.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Thanks,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Graeme<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> cctbxbb-bounces@phenix-online.org [mailto:cctbxbb-bounces@phenix-online.org]
<b>On Behalf Of </b>Ralf Grosse-Kunstleve<br>
<b>Sent:</b> 27 September 2011 11:58<br>
<b>To:</b> cctbx mailing list<br>
<b>Subject:</b> Re: [cctbxbb] Deleting batch from mtz batch header via iotbx.mtz<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi Graeme,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">object_bpl.cpp<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">in this case. -- In a meeting right now and up against a deadline... can you figure it out from here?<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Ralf<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Tue, Sep 27, 2011 at 1:31 AM, &lt;<a href="mailto:Graeme.Winter@diamond.ac.uk">Graeme.Winter@diamond.ac.uk</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi Ralf,<br>
<br>
I tried creating a new mtz object and copying the batches in there, which worked just fine (though a copy constructor would not go amiss!) however I hit a blocker when I tried to add the reflections to the new mtz object as o.n_reflections() was 0 and (as far
 as I can see) cannot be changed from the Python API.<br>
<br>
Would it be possible to export this:<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;/*! \brief Allocates memory for new_nref and fill all new data<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;slots with &quot;not-a-number&quot; bit patterns.<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; */<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;/*! Not available in Python.<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; */<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;void &nbsp; &nbsp; &nbsp;adjust_column_array_sizes(int new_nref);<br>
<br>
To the Python API? I have not figured out yet where this should be done.<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Graeme<br>
<br>
<br>
<br>
________________________________<br>
From: <a href="mailto:cctbxbb-bounces@phenix-online.org">cctbxbb-bounces@phenix-online.org</a> [<a href="mailto:cctbxbb-bounces@phenix-online.org">cctbxbb-bounces@phenix-online.org</a>] on behalf of Ralf Grosse-Kunstleve [<a href="mailto:rwgrosse-kunstleve@lbl.gov">rwgrosse-kunstleve@lbl.gov</a>]<br>
Sent: 09 September 2011 19:36<br>
To: cctbx mailing list<br>
Subject: Re: [cctbxbb] Deleting batch from mtz batch header via iotbx.mtz<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>
Hi Graeme,<br>
<br>
Is there a way to delete a batch from an mtz file batch header? Been trying to do this and it looks like it is impossible &#8211; though you can add batches.<br>
<br>
Clearly there is the worry that the subsequent batch column may then refer to a missing batch, however&#8230;<br>
<br>
Yes, I didn't wrap the entire CMTZ API (parts I wasn't sure are safe).<br>
My idea was that you simply make a new iotbx.mtz.object and copy only the batches you want.<br>
Patches welcome to add the delete support.<br>
<br>
Ralf<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal">--<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">This e-mail and any attachments may contain confidential, copyright and or privileged material, and are for the use of the intended addressee only. If you are not the intended addressee or an authorised recipient
 of the addressee please notify us of receipt by returning the e-mail and do not use, copy, retain, distribute or disclose the information in or attached to the e-mail.<br>
Any opinions expressed within this e-mail are those of the individual and not necessarily of Diamond Light Source Ltd.<br>
Diamond Light Source Ltd. cannot guarantee that this e-mail or any attachments are free from viruses and we cannot accept liability for any damage which you may sustain as a result of software viruses which may be transmitted in or with the message.<br>
Diamond Light Source Limited (company no. 4375679). Registered in England and Wales with its registered office at Diamond House, Harwell Science and Innovation Campus, Didcot, Oxfordshire, OX11 0DE, United Kingdom<br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
cctbxbb mailing list<br>
<a href="mailto:cctbxbb@phenix-online.org">cctbxbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb</a><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</div>

<br><P align=justify>&nbsp;</P>

<P align=justify>--&nbsp; </P>

<P align=justify>This e-mail and any attachments may contain confidential, copyright and or privileged material, and are for the use of the intended addressee only. If you are not the intended addressee or an authorised recipient of the addressee please notify us of receipt by returning the e-mail and do not use, copy, retain, distribute or disclose the information in or attached to the e-mail.<BR>Any opinions expressed within this e-mail are those of the individual and not necessarily of Diamond Light Source Ltd. <BR>Diamond Light Source Ltd. cannot guarantee that this e-mail or any attachments are free from viruses and we cannot accept liability for any damage which you may sustain as a result of software viruses which may be transmitted in or with the message.<BR>Diamond Light Source Limited (company no. 4375679). Registered in England and Wales with its registered office at Diamond House, Harwell Science and Innovation Campus, Didcot, Oxfordshire, OX11 0DE, United Kingdom<BR>&nbsp;</P>
<br></body>
</html>