<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">yes, that's empty too. Do you have an idea of how to best proceed?<div><br></div><div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">@@@@@@ '' @@@@@@</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">@@@@@@ '' @@@@@@</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">Traceback (most recent call last):</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "PyWAXS.py", line 11, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; import iotbx.pdb</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/iotbx/pdb/__init__.py", line 2, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; from cctbx.array_family import flex</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/cctbx/array_family/flex.py", line 2, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; import scitbx.array_family.flex</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/scitbx/array_family/flex.py", line 2, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; import boost.optional # import dependency</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/boost_adaptbx/boost/optional.py", line 2, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; import boost.python</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/boost_adaptbx/boost/python.py", line 129, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; floating_point_exceptions = floating_point_exceptions()</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/boost_adaptbx/boost/python.py", line 122, in floating_point_exceptions</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; import libtbx.load_env</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/libtbx/load_env.py", line 5, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; libtbx.env = libtbx.env_config.unpickle()</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/libtbx/env_config.py", line 2196, in unpickle</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; set_preferred_sys_prefix_and_sys_executable(build_path=build_path)</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/libtbx/env_config.py", line 2111, in set_preferred_sys_prefix_and_sys_executable</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; if (op.samefile(build_path, dirname)):</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/posixpath.py", line 162, in samefile</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; s1 = os.stat(f1)</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">OSError: [Errno 2] No such file or directory: ''</div><div><br></div><div><div>On 04 Jun 2014, at 16:47, Magnus Andersson &lt;<a href="mailto:magnus.andersson@scilifelab.se">magnus.andersson@scilifelab.se</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">I get:<div><br></div><div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">@@@@@@ '' @@@@@@</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">Traceback (most recent call last):</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "PyWAXS.py", line 11, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; import iotbx.pdb</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/iotbx/pdb/__init__.py", line 2, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; from cctbx.array_family import flex</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/cctbx/array_family/flex.py", line 2, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; import scitbx.array_family.flex</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/scitbx/array_family/flex.py", line 2, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; import boost.optional # import dependency</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/boost_adaptbx/boost/optional.py", line 2, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; import boost.python</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/boost_adaptbx/boost/python.py", line 129, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; floating_point_exceptions = floating_point_exceptions()</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/boost_adaptbx/boost/python.py", line 122, in floating_point_exceptions</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; import libtbx.load_env</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/libtbx/load_env.py", line 5, in &lt;module&gt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; libtbx.env = libtbx.env_config.unpickle()</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/libtbx/env_config.py", line 2195, in unpickle</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; set_preferred_sys_prefix_and_sys_executable(build_path=build_path)</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/Users/magnus/Downloads/cctbx_sources/libtbx/env_config.py", line 2111, in set_preferred_sys_prefix_and_sys_executable</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; if (op.samefile(build_path, dirname)):</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/posixpath.py", line 162, in samefile</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">&nbsp; &nbsp; s1 = os.stat(f1)</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(44, 103, 200);">OSError: [Errno 2] No such file or directory: ''</div><div><br></div><div>i.e. looks empty, or?</div><div><br></div><div>Magnus</div><div><br></div><div style=""><div>On 04 Jun 2014, at 16:38, Luc Bourhis &lt;<a href="mailto:luc_j_bourhis@mac.com">luc_j_bourhis@mac.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">I'm afraid I'm not sure what you mean? The directory /Users/magnus/Downloads/cctbx_build does exist. <br></blockquote><br>I am at a loss here, and I worked on some of that code! Could you add the following line<br><br>print "@@@@@@ %r @@@@@@" % build_path<br><br>as the first line of the function set_preferred_sys_prefix_and_sys_executable in libtbx/env_config.py, please?<br><br>Luc<br><br><br>_______________________________________________<br>cctbxbb mailing list<br><a href="mailto:cctbxbb@phenix-online.org">cctbxbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb</a><br></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div></body></html>