<div dir="ltr">Dear Pavel and others,<div><br></div><div>After looking through the files, I found that the error is due to the missing dna_rna cif files in the geostd folder.</div><div><br></div><div>mmtbx/monomer_library/pdb_interpretation.py calls to <br></div><div>mmtbx/monomer_library/server.py then read the structure information from geostd folder. <br></div><div><br></div><div>In the release I obtained from server using bootstrap.py, the information about chem_data was not downloaded (maybe it is in a different location?). </div><div><br></div><div>After copying a chem_data to modules, the program works fine.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Haiguang</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 30, 2017 at 11:35 PM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Haiguang,<br>
    <br>
    please send us PDB file and we will investigate.<br>
    <br>
    Thanks,<br>
    Pavel<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div class="m_-844297623577922870moz-cite-prefix">On 8/30/17 07:23, Haiguang Liu wrote:<br>
    </div>
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      <div dir="ltr">Dear All,
        <div><br>
        </div>
        <div>I recently run into an error while processing DNA molecules
          using pdb_interpreter. The error message is as the following:</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>
          <div> File
&quot;/Users/hgliu/test/cctbx/<wbr>modules/cctbx_project/mmtbx/<wbr>monomer_library/pdb_<wbr>interpretation.py&quot;,
            line 5419, in __init__</div>
          <div>    restraints_loading_flags=<wbr>restraints_loading_flags)</div>
          <div>  File
&quot;/Users/hgliu/test/cctbx/<wbr>modules/cctbx_project/mmtbx/<wbr>monomer_library/pdb_<wbr>interpretation.py&quot;,
            line 3221, in __init__</div>
          <div>    log=log,</div>
          <div>  File
&quot;/Users/hgliu/test/cctbx/<wbr>modules/cctbx_project/mmtbx/<wbr>monomer_library/pdb_<wbr>interpretation.py&quot;,
            line 2507, in __init__</div>
          <div>    m_j=mm,</div>
          <div>  File
&quot;/Users/hgliu/test/cctbx/<wbr>modules/cctbx_project/mmtbx/<wbr>monomer_library/pdb_<wbr>interpretation.py&quot;,
            line 1693, in get_lib_link</div>
          <div>    return mon_lib_srv.link_link_id_dict[<wbr>&quot;rna3p&quot;]</div>
          <div>KeyError: &#39;rna3p&#39;</div>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>After searching through the threads, I found the same error
          has been reported, but no solution posted. Any suggestion is
          appreciated.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Best,</div>
        <div>haiguang</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="m_-844297623577922870mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>______________________________<wbr>_________________
cctbxbb mailing list
<a class="m_-844297623577922870moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:cctbxbb@phenix-online.org" target="_blank">cctbxbb@phenix-online.org</a>
<a class="m_-844297623577922870moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb" target="_blank">http://phenix-online.org/<wbr>mailman/listinfo/cctbxbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

</blockquote></div><br></div>