<div dir="ltr"><div dir="ltr"><font color="#000000" face="arial, sans-serif">Hi,</font><br><div style="color:rgb(0,0,0)"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0)">Not sure if this message was posted earlier or not, that is why I am reposting it.</div><div style="color:rgb(0,0,0)"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, sans-serif">I had a couple of questions about sampling backrub and sidechains using the building or refinement modules in cctbx_project/mmtbx.</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><font face="arial, sans-serif">1) In the file: <a href="http://mmtbx.building.alternate_conformations.conformer_generation.py" target="_blank">mmtbx.building.alternate_conformations.conformer_generation.py</a></font></span></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><font face="arial, sans-serif"><br></font></span></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><font face="arial, sans-serif"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">In the function </span><span style="color:rgb(159,160,28);font-variant-ligatures:no-common-ligatures">def</span><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> </span><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><font color="#2eaebb" style="font-weight:bold">__call__: </font><font color="#000000">the if statements for checking whether the sampled side chain conformation is a rotamer outlier or not, the check in the if statement is for &quot;selfUTLIER&quot;.</font></span></font></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><font face="arial, sans-serif"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><br></span></font></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><font face="arial, sans-serif"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><font color="#000000">Also in the function </font></span><span style="color:rgb(46,174,187);font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><b>set_up_backrub</b></span><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">(self): the atom &quot;O&quot; for the previous residue is not included in the backrun motion, as a result this atom is not moved when the backrub is implemented.</span></font></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><font face="arial, sans-serif"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><br></span></font></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><font face="arial, sans-serif"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">I was just wondering if this is a mistake (possibly all instances of &quot;O&quot; being replaced by &quot;self&quot; which would explain both these things, and some other instances throughout the file), or is this code old and not used anymore?</span></font></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><font face="arial, sans-serif"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><br></span></font></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><font face="arial, sans-serif"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">2) When trying to run fit_residues.py and tst_fit_residues* scripts in mmtbx.refinement.real_space, I encountered errors mainly related to chem_data/rotamer_chi_angles/ not being present. Looks like this data is not distributed with cctbx. Is this correct, or maybe there is some other known issue ?</span></font></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><font face="arial, sans-serif"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><br></span></font></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><font face="arial, sans-serif"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">I look forward to hearing from you.</span></font></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><font face="arial, sans-serif"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><br></span></font></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><font face="arial, sans-serif"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">Thanks,</span></font></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal"><font face="arial, sans-serif"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">Swati</span></font></p></div></div></div>