[phenixbb] Quick calculation of mean ADP

[Martin Malý]

Dear Blaine and Dorothee,

thank you very much for your thorough responses! It was exactly what I looked for.

Best regards,
Martin



On 6/1/21 8:11 PM, Dorothee Liebschner wrote:
Hi Martin,

You could run the command line tool

phenix.b_factor_statistics model.pdb

to print information in standard output.

Or you can use a python script. I wrote a quick example (attached).
Run it like this:

python run_average_b.py model.pdb

Have a look at the cctbx documentation to see some cctbx example scripts:
http://cci.lbl.gov/docs/cctbx/

Let us know if you have other questions.

Best wishes,

Dorothee


On Tue, Jun 1, 2021 at 3:21 AM Martin Malý <martin.maly at ibt.cas.cz<mailto:martin.maly at ibt.cas.cz>> wrote:
Dear mailing list members,

I would like to calculate the mean ADP of a structure model (PDB) from a
Python script using tools in CCTBX/PHENIX. I tried to find out how and
dig it from Python source code but I have been unsuccessful yet. Please,
how to do it (in Python)? Although It is quite easy to calculate it in
on my own directly from PDB for isotropic ADPs, the situation can be a
bit complicated for anisotropic ADPs...

Thank you. Best regards,
Martin Mal
-----

Upozornění: Není-li v této zprávě výslovně uvedeno jinak, má tato e-mailová zpráva nebo její přílohy pouze informativní charakter. Tato zpráva ani její přílohy v žádném ohledu Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i. k ničemu nezavazují. Text této zprávy nebo jejích příloh není návrhem na uzavření smlouvy, ani přijetím případného návrhu na uzavření smlouvy, ani jiným právním jednáním směřujícím k uzavření jakékoliv smlouvy a nezakládá předsmluvní odpovědnost Biotechnologického ústavu AV ČR, v. v. i.

Disclaimer: If not expressly stated otherwise, this e-mail message (including any attached files) is intended purely for informational purposes and does not represent a binding agreement on the part of Institute of Biotechnology of the Czech Academy of Sciences. The text of this message and its attachments cannot be considered as a proposal to conclude a contract, nor the acceptance of a proposal to conclude a contract, nor any other legal act leading to concluding any contract, nor does it create any pre-contractual liability on the part of Institute of Biotechnology of the Czech Academy of Sciences.

_______________________________________________
phenixbb mailing list
phenixbb at phenix-online.org<mailto:phenixbb at phenix-online.org>
http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb
Unsubscribe: phenixbb-leave at phenix-online.org<mailto:phenixbb-leave at phenix-online.org>


--
Research Scientist, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging
Lawrence Berkeley National Laboratory
1 Cyclotron Road, M/S 33R0345
Berkeley, CA 94720
Tel: (510) 486-5709
Fax: (510) 486-5909
Web: https://phenix-online.org<https://phenix-online.org/>

-----

Upozornění: Není-li v této zprávě výslovně uvedeno jinak, má tato e-mailová zpráva nebo její přílohy pouze informativní charakter. Tato zpráva ani její přílohy v žádném ohledu Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i. k ničemu nezavazují. Text této zprávy nebo jejích příloh není návrhem na uzavření smlouvy, ani přijetím případného návrhu na uzavření smlouvy, ani jiným právním jednáním směřujícím k uzavření jakékoliv smlouvy a nezakládá předsmluvní odpovědnost Biotechnologického ústavu AV ČR, v. v. i.

Disclaimer: If not expressly stated otherwise, this e-mail message (including any attached files) is intended purely for informational purposes and does not represent a binding agreement on the part of Institute of Biotechnology of the Czech Academy of Sciences. The text of this message and its attachments cannot be considered as a proposal to conclude a contract, nor the acceptance of a proposal to conclude a contract, nor any other legal act leading to concluding any contract, nor does it create any pre-contractual liability on the part of Institute of Biotechnology of the Czech Academy of Sciences.
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://phenix-online.org/pipermail/phenixbb/attachments/20210602/b4893a77/attachment-0001.htm>