<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7652.24">
<TITLE>Unknown atoms in refinement</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>What's the best way of dealing with unknown atoms (UNK) in phenix.refine?<BR>
<BR>
I have a long disordered loop that runs basically the length of the protein on the back side and there is a single &quot;amino acid&quot; in the middle that I'm trying to model as UNK.&nbsp; I can run a round of refmac and auto generate a lib file with my ligand and the unk atoms but phenix.refine balks at that with respect to the Van der Waals radii.<BR>
<BR>
Thanks for the help,<BR>
<BR>
-Jeff<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp; </FONT>
</P>

</BODY>
</HTML>