
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Hi,<br>

<br>

- what if you do the exact same refinement but without SA? Do you still

see the same behavior of R-factors?<br>

<br>

- does your input PDB file contain any ANISOU records?<br>

<br>

- if you send me the data and model (and the exact command you used),

then I will be able to tell what exactly happens.<br>

<br>

Pavel.<br>

<br>

<br>

<br>

<blockquote cite="mid:333430.43969.qm@web33302.mail.mud.yahoo.com"

 type="cite">

  <div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">

  <div>I am doing refinement using phenix.<br>

I did simulated annealing, Rfree goes up to 10% more than before. (40%)

and R stays at 35%.<br>

If use previous phenix refinment file for same pdb and data , R and

Rfree is 25/27%. <br>

I thought even different r-free set after simulated annealing and 7

cycles of refinement in phenix<br>

should bring Rfree down, but not ?<br>

  <br>

But same data set and model , in CNS, R/Rfree 26/28%.<br>

  <br>

Any suggestions will be appreciated.<br>

  </div>

  </div>

</blockquote>

</body>

</html>