<meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8">
        <title></title>
        <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.3  (Unix)">
        <style type="text/css">
        <!--
                @page { size: 8.5in 11in; margin: 0.79in }
                TD P { margin-bottom: 0in }
                P { margin-bottom: 0.08in }
        -->
        </style>

<p style="">Hi,</p>
<p style="">I&#39;m refining a 2.76 A structure and
need help optimizing the refinement weight on geometry.  When I
refine at the default refinement weight (wxc = 0.5), phenix seems to
generate a much poorer structure (both geometrically AND by Rfree
value) relative to lower wxc values which put a stronger weight on
geometry.  I am trying to pick the best structure to use for my next
round of rebuilding.  The R-stats and condensed molprobity stats are
listed below (at the end of this email).  I have a few questions
regarding this structure and those stats:</p>
<p style="">
</p>
<p style="">1.  What is the relevance of having a
LOW difference between Rfree and Rwork?  My structure seems to have a
higher than expected Rwork value relative to Rfree (aren&#39;t they
supposed to differ by 0.05 or so, instead of the 0.03 observed in my
structure?)  Additionally, as I refine at lower wxc values (more
weight on geometry) I get an increased Rwork value with an equal or
decreased Rfree (relative to the refinement at a higher wxc value). 
Does that mean my structure is better or worse?</p>
<p style="">
</p>
<p style="">2.  How can I judge the output from my
refinement?  I have looked at Rwork, Rfree, and the molprobity
clashscore and overall score values.  I included them below, at the
end of this email.  How do I tell which the best refinement is? 
Which one would you suggest?  I thought the best was wxc = 0.1 since
the R-work and Rfree aren&#39;t changed much from the start values but
the geometry is far better.</p>
<p style="">
</p>
<p style="">3.  How do I optimize the weight on
geometry in refinement?  My PI said that phenix can do it but not for
twinned structures (my structure is twinned).  Can the new version of
phenix do weight optimization for twinned structures?  How?  If not,
what&#39;s the best way for me to do it manually?</p>
<p style="">
</p>
<p style="">As always, thanks immensely for all
your help!</p>
<p style="">
</p>
<p style=""></p><p style="">
</p>
<p style="">-Sam</p><p style=""><br></p><p style="">All have the same values for:</p>
<p style="">Start R-work = 0.2002, R-free = 0.2376
</p>
<p><br>
</p>
<p><b>wxc = 0.01        </b><span style="">Final R-work =
0.2104, R-free = 0.2378</span></p>
<p style="">Molprobity Clashscore:
19.46        Molprobity Score: 2.29</p>
<p><br>
</p>
<p><b>wxc = 0.05        </b><span style="">Final R-work =
0.2049, R-free = 0.2377</span></p>
<p style="">Molprobity Clashscore:
20.96        Molprobity Score: 2.38</p>
<p><br>
</p>
<p><b>wxc = 0.1        </b><span style="">Final R-work =
0.2010, R-free = 0.2388</span></p>
<p style="">Molprobity Clashscore:
23.50        Molprobity Score: 2.54</p>
<p style=""><br>
</p>
<p><b>wxc = 0.2        </b><span style="">Final R-work =
0.1969, R-free = 0.2399</span></p>
<p style="">Molprobity Clashscore:
27.15        Molprobity Score: 2.79</p>
<p style=""><br>
</p>
<p><b>wxc = 0.3        </b><span style="">Final R-work =
0.1945, R-free = 0.2411</span></p>
<p style="">Molprobity Clashscore:
30.76        Molprobity Score: 2.97</p>
<p style=""><br>
</p>
<p><b>wxc = 0.4        </b><span style="">Final R-work =
0.1930, R-free = 0.2420</span></p>
<p style="">Molprobity Clashscore:
34.54        Molprobity Score: 3.11</p>
<p style=""><br>
</p>
<p><b>wxc = default (0.5)        </b><span style="">Final
R-work = 0.1918, R-free = 0.2429</span></p>
<p style="">Molprobity Clashscore:
37.73        Molprobity Score: 3.22</p>