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<div class=Section1>
<p class=MsoNormal>I am trying to link my sugar molecule (FUC-GAL-NGA-FUC),
Lewis y, for phenix.refine, but I keep on getting an error message. I am a beginner
at this so I just don’t know how to make the links. <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal>For , example, I am using this:<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal>refinement.pdb_interpretation {<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> apply_cif_link {<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> data_link = BETA1-2<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> residue_selection_1 = chain C and resname
GAL and resid 224<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> residue_selection_2 = chain C and resname
FUC and resid 223<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> }<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> apply_cif_link {<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> data_link = BETA1-3<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> residue_selection_1 = chain C and resname
GAL and resid 224<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> residue_selection_2 = chain C and resname
NGA and resid 225<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> }<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> apply_cif_link {<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> data_link = BETA1-3<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> residue_selection_1 = chain C and resname
NGA and resid 225<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> residue_selection_2 = chain C and resname
FUC and resid 226<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal> Number of atoms: 46<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> Number of conformers: 1<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> Conformer: ""<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> Number of
residues, atoms: 4, 46<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>
Unusual residues: {'GAL%DEL-HO2%DEL-HO3': 1, 'NGA%DEL-O1%DEL-HO3': 1,
'FUC%DEL-O1': 2}<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>
Unexpected atoms: {'NGA%DEL-O1%DEL-HO3,O1L': 1, 'NGA%DEL-O1%DEL-HO3,O': 1}<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>
Classifications: {'undetermined': 4}<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>
Modifications used: {'DEL-HO2': 1, 'DEL-HO3': 2, 'DEL-O1': 3}<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> Link
IDs: {None: 3}<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>
Unresolved non-hydrogen bonds: 3<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>
Unresolved non-hydrogen angles: 6<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>
Unresolved non-hydrogen dihedrals: 4<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>
Unresolved non-hydrogen chiralities: 2<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>
Unresolved apply_cif_link angles: 1<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>
Unresolved apply_cif_link chiralities: 1<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> Number of atoms with unknown nonbonded energy type
symbols: 2<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> "HETATM 5649 O NGA
C 225 .*. O "<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> "HETATM 5655 O1L NGA C 225
.*. O "<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> Time building chain proxies: 2.31, per 1000 atoms:
0.41<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal>Sorry: Fatal problems interpreting PDB file:<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> Number of atoms with unknown nonbonded energy type
symbols: 2<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> Please edit the PDB file to resolve the problems
and/or supply a<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> CIF file with matching restraint definitions, along
with<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> apply_cif_modification and apply_cif_link parameter
definitions<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> if necessary (see phenix.refine documentation).<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> Also note that phenix.elbow is available to create
restraint<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> definitions for unknown ligands.<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal>Any help and direction would be appreciated.<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal>Grant<o:p></o:p></p>
</div>
</body>
</html>