<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Intekhab,<br>
    <br>
    thanks for sending the files.<br>
    <br>
    Your log file shows you are refining at 2.7A resolution and the
    R-factors are 24/26% (which is not bad!), and the parameters you use
    are<br>
    <br>
    &nbsp; main {<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp; fix_rotamers = True<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp; simulated_annealing_torsion = True<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp; number_of_macro_cycles = 5<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp; max_number_of_resolution_bins = 10<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp; use_experimental_phases = False<br>
    &nbsp; }<br>
    .<br>
    <br>
    Try this instead:<br>
    <br>
    &nbsp; main {<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp; number_of_macro_cycles = 5<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp; ordered_solvent=true<br>
    &nbsp; }<br>
    &nbsp;ordered_solvent {<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp; mode = *every_macro_cycle<br>
    &nbsp; }<br>
    <br>
    Does phenix.model_vs_data confirms the need to use twin-target:<br>
    <br>
    phenix.model_vs_data model.pdb data.mtz<br>
    <br>
    ?<br>
    <br>
    Pavel.<br>
    <br>
    <br>
    On 8/19/10 12:05 AM, intekhab alam wrote:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTimSrshsoEvKL6j5-D1MVCU0GZ=GJNZogdZAxc_W@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div>Hi </div>
      <div>I am working with a twinned data set having R32 space group.
        when i tried to refine with phenix refine using the twin&nbsp;option
        it got stuck after some time.</div>
      <div>&nbsp;There is no error message showing up and the refinemnet
        donot progresses further. I have used the twin law&nbsp;&nbsp;suggested by
        Xtriage program in Phenix.</div>
      <div>Kindly help me out.</div>
      <div>&nbsp;</div>
      <div>Regards<br clear="all">
        <br>
        -- <br>
        INTEKHAB ALAM<br>
        LABORATORY OF STRUCTURAL BIOINFORMATICS<br>
        KOREA UNIVERSITY, SEOUL<br>
      </div>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>