<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hello,<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTim=2NW727G5WvKAKMRez=TwoX+jPf5y-hWk7kO+@mail.gmail.com"
      type="cite">I am refining a low resolution data. According to
      sigma vs. resolution, my resolution is 4.7A. </blockquote>
    <br>
    not sure what is "sigma vs. resolution" but hope you made the right
    decision.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTim=2NW727G5WvKAKMRez=TwoX+jPf5y-hWk7kO+@mail.gmail.com"
      type="cite">Because there are four identical molecular per
      asymetric unit, I can use positional refinement. There are about
      65% alpha-helices in the structure, so I want to use secondary
      structure restrain. Does phenix has this restrain in the
      refinement?<br>
    </blockquote>
    <br>
    Sorry for missing documentation on this subject.<br>
    <br>
    First of all, get the latest version of PHENIX (the one you have is
    very old):<br>
    <br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi">http://www.phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi</a><br>
    <br>
    Then (once you have the latest), yes, you can use secondary
    structure restraints. <br>
    <br>
    <meta charset="utf-8">
    phenix.refine model.pdb data.hkl
    main.secondary_structure_restraints=true<br>
    <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate;
      color: rgb(0, 0, 0); font-family: Times; font-style: normal;
      font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal;
      line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform:
      none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;
      font-size: medium;"><span class="Apple-style-span"
        style="font-family: verdana,helvetica,arial,sans-serif;
        font-size: 14px;"><br>
        so phenix.refine automatically determines secondary structure
        and applies the restrains. Note, GIGO principle applies, that is
        if your input model is distorted then it's unlikely that the
        procedure will figure out the secondary structure correctly.<br>
        <br>
        To make it a less black-box, you can run<br>
        <br>
        phenix.secondary_structure_restraints model.pdb &gt;
        ss_restraints.params<br>
        <br>
        and then check (and edit if necessary) the </span></span><span
      class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color:
      rgb(0, 0, 0); font-family: Times; font-style: normal;
      font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal;
      line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform:
      none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;
      font-size: medium;"><span class="Apple-style-span"
        style="font-family: verdana,helvetica,arial,sans-serif;
        font-size: 14px;">ss_restraints.params file, and then run
        phenix.refine as following:<br>
        <br>
      </span></span>phenix.refine model.pdb data.hkl
    main.secondary_structure_restraints=true <span
      class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color:
      rgb(0, 0, 0); font-family: Times; font-style: normal;
      font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal;
      line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform:
      none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;
      font-size: medium;"><span class="Apple-style-span"
        style="font-family: verdana,helvetica,arial,sans-serif;
        font-size: 14px;">ss_restraints.params<br>
        <br>
        I hope Nat comments more if I missed something.<br>
        <br>
        Let me know if you have any other questions.<br>
        <br>
        Good luck!<br>
        Pavel.<br>
        <br>
        <br>
        <br>
      </span></span>
  </body>
</html>