But the 2Fo map around the ligand without omit is well defined.<br>Phenix defines a very big box around the target pdb-includes surrounding protein residues. Is there a way to control this?<br><br>The omit map of the water molecule in the binding site is also poor.<br>
<br>Thanks<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 3, 2011 at 10:37 AM, Ed Pozharski <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:epozh001@umaryland.edu">epozh001@umaryland.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="im">On Fri, 2011-06-03 at 10:21 -0400, Desi Mail wrote:<br>
&gt; But the 2Fo density around the ligand is very poor.<br>
&gt;<br>
<br>
</div>perhaps your ligand is disordered<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
&quot;Hurry up before we all come back to our senses!&quot;<br>
 � � � � � � � � � � � � � Julian, King of Lemurs<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</font></blockquote></div><br>