<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <span></span><br>
    <blockquote
      cite="mid:1335437683.30189.YahooMailNeo@web121704.mail.ne1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times
        new roman, new york, times, serif;font-size:14pt">
        <div>&nbsp;<span>Will you please remind me the command or tool to
            calculate the average B factor for the whole protein or a
            fragment of the whole protein?</span></div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    phenix.refine log file has it. Also, phenix.model_vs_data outputs
    it. Also, model_statistics=true of phenix.pdbtools will give it to
    you.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <br>
  </body>
</html>