<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I wanted to try phenix.find_peaks_holes with anomalous structure factors from XPREP but I ran into a few problems. And then I tried to fix them by reading the manual and that was really hard too.</div>
<div><br></div><div>So first the missing manual. If I google it I get this page <a href="http://www.phenix-online.org/documentation/find_peaks_holes.htm">http://www.phenix-online.org/documentation/find_peaks_holes.htm</a> which is for the GUI. When I go back to the documentation <a href="http://www.phenix-online.org/documentation/phenix_documentation.html">http://www.phenix-online.org/documentation/phenix_documentation.html</a> I can&#39;t find the link for it (which is also why I was using Google to find it in the first place). I also checked the source to see if the link was somehow misnamed.</div>
<div><br></div><div style>Anyway, running it from the command line with default settings is not hard.</div><div style><br></div><div style><font face="courier new, monospace">phenix.find_peaks_holes model.pdb reflections.hkl</font></div>
<div style><br></div><div style>but I run into this error message </div><div style><br></div><div style><div><font face="courier new, monospace">Sorry: Unresolved amplitude/intensity ambiguity: /path/path/path/reflections.hkl</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">  SHELX reflection files may contain amplitudes or intensities.</font></div><div><font face="courier new, monospace">  Please append   =amplitudes</font></div><div><font face="courier new, monospace">             or   =hklf3</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">             or   =intensities</font></div><div><font face="courier new, monospace">             or   =hklf4</font></div><div><font face="courier new, monospace">  to the file name argument or parameter to resolve the ambiguity.</font></div>
<div><br></div></div><div> and I don&#39;t how to do that. If I add <font face="courier new, monospace">.hklf3</font> at the end of the file name I get the same error. If I go <font face="courier new, monospace">reflections.hkl=hklf3</font> I just get a message that I need to supply a reflection file. </div>
<div>What is the syntax?</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Morten <br clear="all"><div><br></div>-- <br>Morten K Grøftehauge, PhD <div>Pohl Group</div><div>Durham University</div>
</div></div>