<div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div style>I am trying to use DEN refinement as implemented in the Phenix-1.9 release to refine a structure at 3.6 Angstrom resolution. The asu consists of 8 copies of hetero-dimers (of roughly 40 KDa sunbunits each). The structure of one of the subunits has already been solved at about 2 Angstrom, whereas for the other no homologous model is available. After automatic + manual building, I have now a model with Rfree = 28 / R = 23, with some protomers better built than others. I have used this pdb model as input for DEN refinement, adding the known higher-resolution structure as a (partial) reference model, and ncs restraints previously found (and run a DEN parameters optimisation). The final DEN Rfee got significantly worse.</div>
<div style><br></div><div style>I would appreciate any advise for a better DEN strategy to be adopted in this case, if possible. In particular I was wondering whether it can be worth building a model for the missing subunit (or part of it) based on structural similarity of the current unrefined 3D structure.</div>
<div style><br></div><div style>I thank you in advance for the suggestions.</div><div style>With kind regards,</div><div style>Marina</div><div style><br></div><div style><br></div><div style><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica">
<div style="word-wrap:break-word"><div style="word-wrap:break-word"><div style="margin:0px"><font face="Helvetica">-----</font></div><div style="margin:0px"><font face="Helvetica">  Marina Mapelli, PhD</font></div><div style="margin:0px">
<font face="Helvetica">  Department of Experimental Oncology</font></div><div style="margin:0px"><font face="Helvetica">  European Institute of Oncology</font></div><div style="margin:0px"><font face="Helvetica">  Via Adamello 16, 20139 Milan, Italy</font></div>
<div style="margin:0px"><font face="Helvetica">  tel:  +39-02-94375018</font></div><div style="margin:0px"><font face="Helvetica">  email: <a href="mailto:marina.mapelli@ieo.eu">marina.mapelli@ieo.eu</a></font></div><div style="margin:0px">
  web: <a href="http://www.ifom-ieo-campus.it/research/mapelli.php">http://www.ifom-ieo-campus.it/research/mapelli.php</a></div><div style="margin:0px">-----</div><div><br></div></div></div></div></div></div>