<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I refined (phenix.refine)  a 1.0Å structure but it had a few CB outliers and some rotamer outliers.</div><div><br></div><div>I decided to try real_space_refine, to check if they could be fixed (given that it has a higher radius of convergence).</div><div>(using run=local_grid_search+minimization_global in real_space_refine)<br></div><div><br></div><div>But, the R/R(free) increased from 11.39/13.24( for the refine model) to 16.51/17.55 (real_space_refine model).</div><div><br></div><div>It seemed a big increase, when I looked at the map against the structure the protein itself seemed fine.</div><div>The rotamers outliers had decreased, the CB outliers were fixed..etc</div><div><br></div><div>The solvent fit to the density had worsened in COOT.</div><div><br></div><div>What am I doing wrong? Any suggestions, advice would be much appreciated.</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div>George</div></div>