<div dir="ltr">On Sun, Oct 12, 2014 at 11:25 AM, Simon Jenni <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jenni@crystal.harvard.edu" target="_blank">jenni@crystal.harvard.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">However, when I calculate the R-factors with sftools, I get a discrepancy between the phenix and sftools results:<br><br>   sftools &lt;&lt; eof<br>   read com_001_f_model.mtz<br>   Y<br>   select col R_FREE_FLAGS &gt; 0<br>   correl col FOBS FMODEL<br>   select invert<br>   correl col FOBS FMODEL<br>   quit<br>   Y<br>   eof<br><br>   R-work: 33.6<br>   R-free: 38.1<br><br>Does anyone perhaps know what causes this difference?<br></div></blockquote><div><br></div><div>In the default phenix.refine output MTZ, the &quot;F-obs&quot; column will not be scaled to F-model.  My guess is that your input data have already been placed on an absolute scale based on the Wilson statistics, so the results are reasonably close, but when I tried using the same commands on an XFEL dataset I got an R-factor of 192.  Try using F-obs-filtered, which will be on the same scale.</div><div><br></div><div>(This doesn&#39;t explain however why phenix.cc_star nonetheless produces the expected output.  Can you please send me the logfile?)</div><div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>