<div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px"><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">Hi Everyone,</div><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">I am having a problem of phenix.refine not accepting a pdb file that I just finished editing in coot. It is a protein RNA compplex where the protein part was built in buccaneer and the RNA strand built in nautilus. I assembled the final model by text editing the pdb file and adding the RNA part.</div><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">Whenever I feed this pdb file into phenix, it comes back with two errors: " number of atoms with unknown unbonded energy type symbols:6" . "The coot command could not be located"</div><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">Does anyone know how to fix this problem?</div><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">I tried converting the file into mmcif and feeding it to phenix but the same error comes back again.</div><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">Thank you very much,</div><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">Maher</div></div>