<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div>Dear All,</div><div><br></div><div>By phenix.real_space_refine, I have fitted the a PDB file to&nbsp;an EM map, with Ramachandran favored around 90% and acceptable level of Ramachandran outlier (1.5%) and rotamer outlier (1.2%). Besides visual checking indicating the fitting of the main chain and sid chains to the dnsity map is acceptable.</div><div><br></div><div>I hope the refine results can be improved by phenix reciprocal space refine. By phenix.map_to_structure_factors&nbsp;&nbsp;I convert my mrc file to mtz file, with the&nbsp;&nbsp;above mentioned phenix.real_space_refine refined pdb amd mtz files as the input files for the graphical phenix refine, in which I never select real space refine, and I always check xyz coordinates and Group B-factors (sometimes I check&nbsp; xyz coordinates and&nbsp;individual B-factors ).</div><div><br></div><div>Fot this kind of phenix reciprocal space refine, I find the molprobity anslysis results have improved a little, but I find both the contouring level of 2FOFCWT map and the FOFCWT map is more than thousands of thousands high (and it seems the&nbsp; contouring level of FOFCWT is much higher), and visual checking indicated both the main chain and side chains hardly fit with the density map.</div><div><br></div><div>But I really find there were publications which did phenix.real_space_refine first, and then process the reciprocal space refine, which get good results as introduced in the publications.</div><div><br></div><div>Will you please tell me why my phenix reciprocal refine after phenix.real_space_refine did not work?</div><div><br></div><div>Best regards.</div><div><br></div><div>Smith</div></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>