<div dir="ltr"><div><div>I have problems running &#39;mmtbx.prepare_pdb_deposition&#39;  on the cif file created in phenix. I think the problem may be the sequence file. The coordinates are from a complex of 4 proteins plus an RNA. I created a text file with 5 chains, each chain sequence in one letter code. I am getting the following error code when I try to run the program:<br><br>Traceback (most recent call last):<br>  File &quot;/home/programs/x86_64-linux/phenix/1.12-2829/phenix-1.12-2829/build/../modules/cctbx_project/mmtbx/command_line/prepare_pdb_deposition.py&quot;, line 99, in &lt;module&gt;<br>    run(sys.argv[1:])<br>  File &quot;/home/programs/x86_64-linux/phenix/1.12-2829/phenix-1.12-2829/build/../modules/cctbx_project/mmtbx/command_line/prepare_pdb_deposition.py&quot;, line 69, in run<br>    alignment_params=params)<br>  File &quot;/home/programs/x86_64-linux/phenix/1.12-2829/phenix-1.12-2829/modules/cctbx_project/iotbx/pdb/hierarchy.py&quot;, line 1052, in as_cif_block_with_sequence<br>    assert len(chain.residue_groups) + chain.n_missing_start + chain.n_missing_end == len(sequence)<br><br></div>There seems to be something wrong with chain N, but I am not sure what. Is it ok to have a longer sequence in the sequence file than in the coordinates?<br><br></div>Ursula<br clear="all"><div><div><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Ursula Schulze-Gahmen, Ph.D.<br>Project Scientist<br>UC Berkeley, QB3<br>360 Stanley Hall #3220<br>Berkeley, CA 94720-3220<br>(510) 643 9491<br></div></div>
</div></div></div></div></div>