<div dir="ltr"><b>Dear PhenixBB,</b><div><b><br></b></div><div><b>I am trying to get ERRASER to run and am struggling a bit. I was wondering if somebody could point me in the right way. Apologies if this has been asked before - my Google-Fu is inadequate.</b></div><div><b><br></b></div><div><b>Phenix Version: dev-3092</b></div><div><b>Rosetta Version: 2018.09.60072</b></div><div><b><br></b></div><div><b>I built rosetta using scons as per the instructions online and fired rosetta.build_phenix_interface with no errors. I&#39;ve identified that the erraser directory lives in main/source/src/apps/public/ERRASER and accordingly set my environmental variables.</b></div><div><b><br></b></div><div><b>Being fairly clunky around the linux environment, I am probably doing something very silly. Any help would be much appreciated.</b></div><div><b><br></b></div><div><b>Best wishes,</b></div><div><b>Shintaro</b></div><div><b><br></b></div><div><b>When I try to run erraser from the phenix GUI I am greeted by this error message:</b></div><div><div><br></div><div>TypeError : __init__() takes at least 3 arguments (1 given)</div><div><br></div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File &quot;/home/saibara/software/phenix/phenix-dev-3092/modules/phenix/wxGUI2/App.py&quot;, line 784, in OnTimer</div><div>    self.run_manager.update(update_backgrounded=False)</div><div>  File &quot;/home/saibara/software/phenix/phenix-dev-3092/modules/phenix/wxGUI2/ProcessControl.py&quot;, line 213, in update</div><div>    process.update()</div><div>  File &quot;/home/saibara/software/phenix/phenix-dev-3092/modules/phenix/wxGUI2/ProcessControl.py&quot;, line 136, in update</div><div>    self._process.update()</div><div>  File &quot;/home/saibara/software/phenix/phenix-dev-3092/modules/cctbx_project/libtbx/runtime_utils.py&quot;, line 306, in update</div><div>    (error, traceback_info) = easy_pickle.load(self.error_file)</div><div>  File &quot;/home/saibara/software/phenix/phenix-dev-3092/modules/cctbx_project/libtbx/easy_pickle.py&quot;, line 80, in load</div><div>    return cPickle.loads(_open(file_name, &quot;rb&quot;).read())</div><div>TypeError: __init__() takes at least 3 arguments (1 given)</div></div><div><br></div><div><br></div><div><b>Alternatively if I try to fire phenix.erraser through the command line, I get something like this:</b></div><div><br></div><div><div>Running ERRASER Rosetta app...</div><div>###################################</div><div>Path to ERRASER: /home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/src/apps/public/ERRASER</div><div><br></div><div>ERROR: Assertion `scorefxn_-&gt;get_weight( cart_bonded ) &gt; 0` failed.</div><div>ERROR:: Exit from: src/protocols/rna/movers/ErraserMinimizerMover.cc line: 238</div><div>BACKTRACE:</div><div>/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/build/src/release/linux/4.15/64/x86/gcc/5.4/default/libutility.so(utility::exit(char const*, int, std::__cxx11::basic_string&lt;char, std::char_traits&lt;char&gt;, std::allocator&lt;char&gt; &gt; const&amp;, int)+0x2ea) [0x7f3e2b7798fa]</div><div>/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/build/src/release/linux/4.15/64/x86/gcc/5.4/default/<a href="http://libprotocols_d.6.so">libprotocols_d.6.so</a>(protocols::rna::movers::ErraserMinimizerMover::i_want_this_atom_to_move(core::chemical::ResidueType const&amp;, unsigned long const&amp;)+0x92) [0x7f3e34c17062]</div><div>/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/build/src/release/linux/4.15/64/x86/gcc/5.4/default/<a href="http://libprotocols_d.6.so">libprotocols_d.6.so</a>(protocols::rna::movers::ErraserMinimizerMover::vary_bond_geometry(core::kinematics::MoveMap&amp;, core::pose::Pose&amp;, ObjexxFCL::FArray1D&lt;bool&gt;&amp;, std::set&lt;unsigned long, std::less&lt;unsigned long&gt;, std::allocator&lt;unsigned long&gt; &gt; const&amp;)+0x20a) [0x7f3e34c1771a]</div><div>/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/build/src/release/linux/4.15/64/x86/gcc/5.4/default/<a href="http://libprotocols_d.6.so">libprotocols_d.6.so</a>(protocols::rna::movers::ErraserMinimizerMover::apply(core::pose::Pose&amp;)+0x2020) [0x7f3e34c20f70]</div><div>/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/build/src/release/linux/4.15/64/x86/gcc/5.4/default/<a href="http://libprotocols.1.so">libprotocols.1.so</a>(protocols::jd2::JobDistributor::run_one_job(std::shared_ptr&lt;protocols::moves::Mover&gt;&amp;, long, std::__cxx11::basic_string&lt;char, std::char_traits&lt;char&gt;, std::allocator&lt;char&gt; &gt;&amp;, std::__cxx11::basic_string&lt;char, std::char_traits&lt;char&gt;, std::allocator&lt;char&gt; &gt;&amp;, unsigned long&amp;, unsigned long&amp;, bool)+0xbed) [0x7f3e344cc9bd]</div><div>/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/build/src/release/linux/4.15/64/x86/gcc/5.4/default/<a href="http://libprotocols.1.so">libprotocols.1.so</a>(protocols::jd2::JobDistributor::go_main(std::shared_ptr&lt;protocols::moves::Mover&gt;)+0x166) [0x7f3e344cedc6]</div><div>/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/build/src/release/linux/4.15/64/x86/gcc/5.4/default/<a href="http://libprotocols.1.so">libprotocols.1.so</a>(protocols::jd2::FileSystemJobDistributor::go(std::shared_ptr&lt;protocols::moves::Mover&gt;)+0x57) [0x7f3e344b4d67]</div><div>/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/bin/erraser_minimizer.linuxgccrelease() [0x40480e]</div><div>/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/bin/erraser_minimizer.linuxgccrelease() [0x4037b1]</div><div>/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf0) [0x7f3e32bdc830]</div><div>/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/bin/erraser_minimizer.linuxgccrelease() [0x4045b9]</div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File &quot;/home/saibara/software/phenix/phenix-dev-3092/build/../modules/phenix/phenix/command_line/erraser.py&quot;, line 14, in &lt;module&gt;</div><div>    erraser_run=phenix.erraser.erraser.erraser(args=sys.argv[1:])</div><div>  File &quot;/home/saibara/software/phenix/phenix-dev-3092/modules/phenix/phenix/erraser/erraser.py&quot;, line 349, in __init__</div><div>    self.run(params,out=out)</div><div>  File &quot;/home/saibara/software/phenix/phenix-dev-3092/modules/phenix/phenix/erraser/erraser.py&quot;, line 459, in run</div><div>    erraser(option)</div><div>  File &quot;/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/src/apps/public/ERRASER/erraser_wrapper.py&quot;, line 99, in erraser</div><div>    erraser_minimize( minimize_option ) #full_struct_slice_and_minimize( minimize_option )</div><div>  File &quot;/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/src/apps/public/ERRASER/erraser_wrapper.py&quot;, line 478, in erraser_minimize</div><div>    subprocess_call(command, sys.stdout, sys.stderr)</div><div>  File &quot;/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/src/apps/public/ERRASER/erraser_util.py&quot;, line 107, in subprocess_call</div><div>    subprocess.check_call(command, shell=True, stdout = out_channel, stderr = err_channel)</div><div>  File &quot;/home/saibara/software/phenix/phenix-dev-3092/base/lib/python2.7/subprocess.py&quot;, line 186, in check_call</div><div>    raise CalledProcessError(retcode, cmd)</div><div>subprocess.CalledProcessError: Command &#39;/home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/source/bin/erraser_minimizer.linuxgccrelease -database /home/saibara/software/rosetta/rosetta_bin_linux_2018.09.60072_bundle/main/database/  -s /home/saibara/Phenix/hsmitoribo_drug/rnaonly_erraser_temp/minimize_0.pdb  -score:weights stepwise/rna/rna_hires_elec_dens_FCC2012   -score:rna_torsion_potential FCC2012_RNA11_based_new  -rna::corrected_geo true  -rna::erraser::rna_prot_erraser false  -rna::vary_geometry true  -constrain_P true  -attempt_pyrimidine_flip false  -rna::erraser::skip_minimize false  -chemical:enlarge_H_lj false  -in:guarantee_no_DNA false  -out:file:write_pdb_link_records true  -scale_d 100  -scale_theta 10  -stepwise:rna:o2prime_legacy_mode true  -use_2prime_OH_potential false  -edensity:mapfile /home/saibara/Phenix/hsmitoribo_drug/cheatmap.ccp4  -edensity:mapreso 3.0  -edensity:realign no  -graphics false  -skip_connect_info true &#39; returned non-zero exit status 255</div></div><div><br></div></div>