<div dir="ltr"><div>Dear Experts,</div><div><br></div><div>I have a map generated through cryosparc (ab initio-reconstr and homo-refine at 3.7A* FSC and sharpened in Scipion and separately in EMAN2). I have build the initial pdb through BALBES which has perfect validation parameters and nice fitting in the map (with the mtz output)  but the co-ordinates are shifted from the true origin of CS-map. I used phenix-RSR to fit and refine, but validation results remained too far to accept the model as good solution and also a small region entered in wrong nearyby densities.<br></div><div><br></div><div>So far following independent and downstream approaches I have taken:-</div><div><br></div><div>In phenix; dock in map, map to model, rigid body refine followed by real space refine (with both .map and converted .mtz),  using only chain A-map boxing and model generation through NCS.</div><div> <br></div><div>I have tried chimera fit for entire assembly and also only one chain in boxed map and full map but still the validation remained far from acceptable values and a small region in wrong neighboring density.</div><div><br></div><div>Please help.  <br></div><div><br></div><div><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div>Best regards,</div><div dir="ltr">Promod <br></div></div></div></div></div></div></div></div>