<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Dear Pavel,</div><div><br></div><div>Thank you so much for the consideration, I have shared the file with you.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Pramod<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Oct 22, 2019 at 7:26 PM Pavel Afonine &lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov">pafonine@lbl.gov</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Pramod,<br>
    <br>
    I need to see the map and models before and after refinement to
    diagnose the issue. Can you share the files? I will have a look once
    I have the files.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div>On 10/22/19 10:34, pramod kumar wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      <div dir="ltr">
        <div>Dear Experts,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I have a map generated through cryosparc (ab
          initio-reconstr and homo-refine at 3.7A* FSC and sharpened in
          Scipion and separately in EMAN2). I have build the initial pdb
          through BALBES which has perfect validation parameters and
          nice fitting in the map (with the mtz output) but the
          co-ordinates are shifted from the true origin of CS-map. I
          used phenix-RSR to fit and refine, but validation results
          remained too far to accept the model as good solution and also
          a small region entered in wrong nearyby densities.<br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>So far following independent and downstream approaches I
          have taken:-</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>In phenix; dock in map, map to model, rigid body refine
          followed by real space refine (with both .map and converted
          .mtz), using only chain A-map boxing and model generation
          through NCS.</div>
        <div> <br>
        </div>
        <div>I have tried chimera fit for entire assembly and also only
          one chain in boxed map and full map but still the validation
          remained far from acceptable values and a small region in
          wrong neighboring density.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Please help.  <br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
          -- <br>
          <div dir="ltr">
            <div dir="ltr">
              <div>
                <div dir="ltr">
                  <div>
                    <div>Best regards,</div>
                    <div dir="ltr">Promod<br>
                    </div>
                  </div>
                </div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

</blockquote></div><br clear="all"><br><br></div>