<div dir="ltr">Hi Murpholino,<div><br></div><div>You can use phenix.map_comparison map1.ccp4 map2.ccp4 contour_to_match=1.035</div><div><br></div><div>This will identify the contour in map2.ccp4 that encloses a volume equal to that enclosed by the contour at 1.035 (absolute, not sigma value) in map1.ccp4. </div><div><br></div><div>The method is described in <span style="color:rgb(84,79,50);font-family:Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12.8px">Afonine, P.V., Klaholz, B.P., Moriarty, N.W., Poon, B.K., Sobolev, O.V., Terwilliger, T.C., Adams, P.D, Urzhumtsev, A. (2018). </span><a href="https://doi.org/10.1107/S2059798318009324" style="color:rgb(146,87,121);text-decoration-line:none;font-family:Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12.8px">New tools for the analysis and validation of Cryo-EM maps and atomic models.</a><span style="color:rgb(84,79,50);font-family:Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12.8px"> Acta Cryst. D74, 814-840. bioRxiv 279844; </span><a href="http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S2059798318009324">http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S2059798318009324</a></div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Tom T</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, May 11, 2020 at 4:19 PM Murpholino Peligro &lt;<a href="mailto:murpholinox@gmail.com">murpholinox@gmail.com</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div> I want to compare electron density features of map A from protein A and map B from protein B...</div><div><br></div><div>Because each map has a different rmsd level...</div><div><br></div><div> ...what is the best way to compare electron density between maps?<br></div><br></div>Is there a way to normalize maps or something like that?<br><div><br></div><div>Thanks<br></div></div>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Thomas C Terwilliger<div>Laboratory Fellow, Los Alamos National Laboratory</div><div>Senior Scientist, New Mexico Consortium</div><div>100 Entrada Dr, Los Alamos, NM 87544</div><div>Email: <a href="mailto:tterwilliger@newmexicoconsortium.org" target="_blank">tterwilliger@newmexicoconsortium.org</a></div><div>Tel: 505-431-0010</div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>