<div dir="ltr">Hello all,<div><br></div><div>I hope everybody is doing well. Happy New Year 2021!!!</div><div><br></div><div> I am stuck with some unusual behavior of restrain files generated by Phenix.ReadySet. I crystallized the protein with ligands which have double bonds between the atoms. As I see clear electron density for the ligand, I drew a ligand molecule in Coot (Ligand builder) and fitted in electron density very nicely. Until here, I can see the double bonds in the modelled ligand. I generated the restrain files using Phenix.ReadySet to further proceed for refinement. Unfortunately, after refinement the double bonds were converted to single bonds. I tried to generate new restrain files and refined the model, resulting in similar output. But, fortunately in one case, the double bonds were retained after refinement also. I tried to repeat with other ligands, where I was unsuccessful to retain the double bonds.</div><div><br></div><div>please help me. Thank you so much. </div><div><br></div><div>Regards</div><div>Sharan</div><div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Sharan Karade<br>Postdoc-fellow</div><div>IBBR-UMD, <span>9600 Gudelsky Dr, </span></div><div>Rockville</div><div>Maryland 20850<br><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>