<div dir="ltr">When using phenix.secondary_structure_restraints (from command line, not sure if it&#39;s different in GUI) ss_by_chain flag is ignored when using default method (ksdssp, even if explicitly selected).  Works fine when mmtbx_dssp is used though.  Details:<div><br></div><div>&gt; phenix.secondary_structure_restraints model.pdb format=pdb ss_by_chain=False <br></div><div><br></div><div>only produces intrachain beta sheets.</div><div><br></div><div>&gt; phenix.secondary_structure_restraints model.pdb format=pdb ss_by_chain=False  search_method=mmtbx_dssp<br></div><div><br></div><div>produces both intrachain and interchain beta-sheets.</div><div><br></div><div>I am fairly certain this is not KSDSSP bug per se, since output of </div><div><br></div><div>$PHENIX/build/ksdssp/exe/ksdssp model.pdb</div><div><br></div><div>contains interchain beta-sheets.</div><div><br></div><div>This is with 1.20.1-4487.</div></div>