<div dir="ltr">Bram<div><br></div><div>The planarity of the link in based on linking not the restraints included. I have added B3L (in 1.21) and updated the linking (1.21). I can take a look if you send me the model but you will likely need to down a 1.21 version.</div><div><br></div><div><a href="https://phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi">https://phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi</a><br></div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="arial, sans-serif">Cheers</font><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Nigel</font><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">---</font></div><div><font face="arial, sans-serif">Nigel W. Moriarty<br>Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</font></div><div><font face="arial, sans-serif">Lawrence Berkeley National Laboratory</font><br><font face="arial, sans-serif">Berkeley, CA 94720-8235</font><br><font face="arial, sans-serif">Email : NWMoriarty@LBL.gov</font></div><div><font face="arial, sans-serif">Web : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></font></div></div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="color:rgb(73,74,76)">ORCID : </span><font color="#494a4c"><a href="https://orcid.org/0000-0001-8857-9464" target="_blank">orcid.org/0000-0001-8857-9464</a></font></font><br></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jun 26, 2023 at 3:00 PM Bram Mylemans <<a href="mailto:bram.mylemans@bristol.ac.uk">bram.mylemans@bristol.ac.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg5689266904982230701">
<div lang="EN-GB" style="overflow-wrap: break-word;">
<div class="m_1926814826342915576WordSection1">
<p class="MsoNormal">Dear experts,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I’m trying to refine a crystal structure of a peptide that contains some beta-amino acids. I have tried generating restraints with elbow from a sdf file. I changed the naming of the atoms to conform with the protein naming and added the
L-peptide linking tag. This seems to work for refining and also local refine in coot works.
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">However, the peptide bond is not kept planar. Does anyone have an idea how to make sure the amide bond is correctly constrained?
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I have included the restrained file I made for L-beta-Leucine below for reference.
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Best wishes,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span>----------<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span>Dr. Bram Mylemans<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span>Post-doctoral Research Associate
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span>Woolfson group<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span>School of Chemistry
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span>University of Bristol <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"># electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"># - a module of PHENIX version 1.20.1-4487-<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"># - file written: Sun May 14 14:31:25 2023<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"># Inital geometry file: a 60 line input string<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"># Ligand name: (3S)-3-amino-5-methylhexanoic acid<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"># Quantum optimisation: True<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"># Method: uhf<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"># Random seed: 3628800<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"># SMILES string: CC(C)C[C@H](N)CC(O)=O<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">data_comp_list<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">loop_<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_<a href="http://chem_comp.id" target="_blank">chem_comp.id</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp.three_letter_code<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_<a href="http://chem_comp.name" target="_blank">chem_comp.name</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp.group<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp.number_atoms_all<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp.number_atoms_nh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp.desc_level<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L B3L '(3S)-3-amino-5-methylhexanoic acid' L-peptide 24 10 .<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">data_comp_B3L<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">loop_<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.comp_id<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.atom_id<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.type_symbol<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.type_energy<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.charge<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.partial_charge<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.x<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.y<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.z<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L O O O 0 -0.621 -0.0468 -0.0672 0.0379<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L C C C 0 0.403 1.2030 -0.0409 -0.0524<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CA C CH2 0 -0.215 2.0004 0.0099 1.2717<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CB C CH1 0 0.109 1.5936 -1.1463 2.1941<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L N N NH2 0 -0.452 2.4198 -2.3233 1.9111<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CG C CH2 0 -0.173 1.7636 -0.6462 3.6485<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CD C CH1 0 -0.040 1.5804 -1.7407 4.6994<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE2 C CH3 0 -0.160 1.9937 -1.1916 6.0651<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE1 C CH3 0 -0.159 0.1402 -2.2497 4.7124<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HA H HCH2 0 0.055 3.0941 0.0115 1.0876<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HAA H HCH2 0 0.036 1.7870 0.9871 1.7352<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HB H HCH1 0 0.088 0.5145 -1.4120 2.0199<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HN H HNH2 0 0.153 1.9179 -3.1939 1.9355<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HG H HCH2 0 0.049 2.7650 -0.1815 3.7540<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HGA H HCH2 0 0.063 1.0542 0.1844 3.8432<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HD H HCH1 0 0.048 2.2575 -2.6020 4.4708<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H3E2 H HCH3 0 0.033 2.4606 -1.9617 6.6915<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E2 H HCH3 0 0.049 2.7302 -0.3796 5.9910<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E2 H HCH3 0 0.045 1.1543 -0.7788 6.6358<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H3E1 H HCH3 0 0.045 0.0304 -3.1957 4.1675<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E1 H HCH3 0 0.034 -0.2410 -2.4354 5.7240<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E1 H HCH3 0 0.068 -0.5687 -1.5528 4.2450<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L OXT O OC -1 -0.606 1.8564 -0.0003 -1.1279<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HNA H HNH2 0 0.147 3.2587 -2.3840 2.4671<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">loop_<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_bond.comp_id<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_bond.atom_id_1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_bond.atom_id_2<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_bond.type<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_bond.value_dist<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_bond.value_dist_esd<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L C O single 1.253 0.015<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L C OXT single 1.259 0.016<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CA C single 1.546 0.037<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CB CA single 1.534 0.036<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CB HB single 1.125 0.040<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L N CB single 1.466 0.036<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L N HNA single 1.008 0.037<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CG CB single 1.547 0.037<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CG HG single 1.109 0.039<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CD CG single 1.528 0.035<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CD CE1 single 1.528 0.035<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE2 CD single 1.529 0.035<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE2 H1E2 single 1.096 0.038<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE1 H1E1 single 1.098 0.038<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE1 H3E1 single 1.097 0.038<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HA CA single 1.109 0.037<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HAA CA single 1.102 0.040<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HN N single 1.005 0.037<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HGA CG single 1.110 0.039<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HD CD single 1.119 0.040<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H3E2 CE2 single 1.097 0.038<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E2 CE2 single 1.099 0.038<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E1 CE1 single 1.097 0.038<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">loop_<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_angle.comp_id<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_angle.atom_id_1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_angle.atom_id_2<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_angle.atom_id_3<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_angle.value_angle<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_angle.value_angle_esd<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L OXT C CA 117.56 2.401<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CA C O 116.95 2.270<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L OXT C O 125.42 1.837<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HAA CA HA 105.03 2.935<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HAA CA CB 111.34 2.722<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HA CA CB 111.25 2.583<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HAA CA C 106.82 2.670<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HA CA C 111.50 2.415<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CB CA C 110.69 2.417<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HB CB CG 109.11 2.657<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CG CB N 112.27 2.657<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HB CB N 108.74 2.657<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CG CB CA 107.01 2.247<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L N CB CA 109.86 2.386<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HB CB CA 109.83 2.388<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HNA N HN 110.49 3.000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HN N CB 114.17 2.677<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HNA N CB 114.27 2.682<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HGA CG HG 104.29 2.953<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HGA CG CD 109.80 2.649<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HG CG CD 110.06 1.813<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HGA CG CB 109.67 2.659<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CD CG CB 113.69 2.657<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HG CG CB 108.91 2.671<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HD CD CE1 108.40 2.672<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HD CD CE2 107.17 2.674<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE1 CD CE2 111.53 2.389<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L HD CD CG 109.76 2.723<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE2 CD CG 108.95 2.259<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE1 CD CG 110.95 2.656<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E2 CE2 H2E2 105.67 2.934<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E2 CE2 H3E2 105.78 2.934<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E2 CE2 H3E2 107.05 2.933<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E2 CE2 CD 112.73 2.662<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H3E2 CE2 CD 111.91 2.665<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E2 CE2 CD 113.17 2.686<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E1 CE1 H2E1 106.00 2.935<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E1 CE1 H3E1 106.10 2.936<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E1 CE1 H3E1 105.73 2.935<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E1 CE1 CD 113.07 2.437<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H3E1 CE1 CD 112.17 2.708<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E1 CE1 CD 113.17 2.649<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">loop_<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.comp_id<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_<a href="http://chem_comp_tor.id" target="_blank">chem_comp_tor.id</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.atom_id_1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.atom_id_2<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.atom_id_3<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.atom_id_4<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.value_angle<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.value_angle_esd<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.period<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L Var_01 CB CA C O 54.55 30.0 2<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L Var_02 CE1 CD CG CB -66.07 30.0 1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L Var_03 H1E1 CE1 CD CG -19.34 30.0 3<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L Var_04 H1E2 CE2 CD CG 93.46 30.0 3<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">loop_<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_chir.comp_id<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_<a href="http://chem_comp_chir.id" target="_blank">chem_comp_chir.id</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_chir.atom_id_centre<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_chir.atom_id_1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_chir.atom_id_2<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_chir.atom_id_3<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_chir.volume_sign<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L chir_01 CB CA N CG negativ<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">loop_<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_plane_atom.comp_id<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_plane_atom.plane_id<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_plane_atom.atom_id<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_plane_atom.dist_esd<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L plan-1 O 0.020<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L plan-1 C 0.020<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L plan-1 CA 0.020<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">B3L plan-1 OXT 0.020<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>
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