<div dir="ltr">Hello everyone,<div><br></div><div>I am Esra Ayan.</div><div>I would like to ask you about getting an error in Phenix: <font face="monospace"><b>Sorry: Fatal problems interpreting PDB file</b></font></div><div><i><br></i></div><div><u>I followed the below command to resolve this issue:</u></div><div><br></div><div>1. just running &quot;<span style="background-color:rgb(248,249,250);color:rgb(0,0,0);font-family:monospace,monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap">phenix.ready_set MR.1.pdb&quot;</span></div><div><font color="#000000"><span style="font-size:14px;white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif">2. then running </font><font face="monospace, monospace">&quot;</font></span></font><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace,monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap"><span style="background-color:rgb(248,249,250)">phenix.refine MR.1.updated.pdb MR.1.mtz MR.1.ligands.cif </span></span><span style="font-size:10pt;font-family:monospace,monospace;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">refinement.input.xray_data.r_free_flags.generate=True</span></div><div><font color="#000000" face="monospace, monospace"><span style="font-size:13.3333px"><br></span></font></div><div><font color="#000000"><span style="font-size:13.3333px"><font face="arial, sans-serif">This way, i was able to solve the problem but still getting high Rwork and Rfree values. </font></span></font>I still couldn&#39;t lower the values even though I tried many ways.</div><div><br></div><div>What is your recommendation about this issue? <br>i was wondering if I did a mistake by using Step 1 and Step 2 commands.</div><div><br></div><div>You can find the reference pdb and mtz files in the attachment.</div><div><br></div><div>Any help would be appreciated.</div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div><br></div><div>Esra Ayan<br><div><br></div><div><br></div></div></div><img src="https://email-signature-image.com/signature.gif?u=2013867&amp;e=399592966&amp;v=3c18eeb5b9cb9d5cd81ac6467366bbcc9106c5a571dd75d57d45919cfd9917a4" alt="" width="0" height="0" style="width:2px;max-height:0;overflow:hidden">